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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003721

染色体: Chr01 坐标: 55534246-55537248 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003721
名称SmilChr01G003721
描述MLO-like protein 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55534246 - 55537248 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995501
GeneID130995501
locus_tag-
NCBI NameLOC130995501
原始查询SmilChr01G003721

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MLO-like protein 1
产物MLO-like protein 1
ArabidopsisAT4G02600 (MLO1)
Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828229]
identity=62.2; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0888600 (OsMLO5)
-
identity=59.8; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03094 (Mlo)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995501

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776791.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776791.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776791.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776791.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776791.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55534690 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B23,D2
Chr1:55534690 G GCT 2bp_insertion CDS_variant 2 B23,D2
Chr1:55534726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C57
Chr1:55534850 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 13 B107,B2,B26,B3,B42,B43,B52,B71,B89,B91,C29,C55,D5
Chr1:55534903 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 58 A15,A21,A24,A25,B10,B100,B11,B113,B123,B125,B126,B131,B136,B138,B14,B26,B33,B35,B5,B51,B54,B56,B58,B60,B63,B64,B65,B66,B76,B81,B82,B89,B90,B91,B92,B96,B98,C20,C21,C22,C27,C38,C39,C43,C47,C48,C49,C51,C52,C53,C57,C61,C75,C76,C87,C9,D6,D8
Chr1:55534910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:55534968 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B115,B20,C28,C31
Chr1:55534968 CT C 1bp_deletion CDS_variant 4 B115,B20,C28,C31
Chr1:55535497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:55536407 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 7 A21,B131,C22,C47,C52,C76,D8
Chr1:55536410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:55536440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776791.1
484 aa
N
1
242
484
Mlo
C
PF03094 Mlo 9-453 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776791.1 Pfam PF03094 Mlo Family 9 453 2.1e-183 610.9 Mlo family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920808.1
AGTGAAGAACTATGATGAAATTTGTTATGCATTAGAAATTCGTAGTCGGTGACGTCCTCATTTGCCCTCTACCATATGCAGACGCAAATACTTGTTCAATTTATTTCATTTAAATCCATATCTTCATCAACTTGTATTAAATCCATCTTCAAATGTATTAACTTGTTCAGTTCCATTTGGCCAATAATTTTCTATATAAAGGAAGACATTATTAACAAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGCCGGAGGTGGTGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995501
ATGGCCGGAGGTGGTGGAGAGGGAGCTTCCCTAGAGTATACTCCGACATGGGTGGTGGCGGTGGTGTGCAGTGTCATCGTTGCCATATCCTTTTTAGCCGAAAGAATTCTCCATGTTTCCGGCAAGTATTTATTGAAGAAGAATCAGGGCTCTCTGTTTCAAGCCTTGCAGAAAATCAAAGAAGAGTTGATGTTGCTGGGGTTCATATCTTTGATGCTGGCTGCATTTCAATCCAGACTTAGTAAAATCTGCATTCCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776791.1
MAGGGGEGASLEYTPTWVVAVVCSVIVAISFLAERILHVSGKYLLKKNQGSLFQALQKIKEELMLLGFISLMLAAFQSRLSKICIPKGWTNHWLPCNKDLKSTAHFATFSRRLLAAASDSEGYCEAKGKAPLLSVQALHDLHIFIFVLAVSHVVFSALTLIFGGLKIRQWRHWEESILKKEYDPEEAIRTITHVQDHAFIRNRFSGIGRVPFFGWLKSFFKQFFRSVSKEDYTTLRLGFVMNHCRGNPKFNFYKYMTRAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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