当前解析结果
SmilChr01G003721| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003721 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003721 |
| 描述 | MLO-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 55534246 - 55537248 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995501 |
|---|---|
| GeneID | 130995501 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995501 |
| 原始查询 | SmilChr01G003721 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MLO-like protein 1 |
| 产物 | MLO-like protein 1 |
| Arabidopsis | AT4G02600 (MLO1)Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828229] identity=62.2; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0888600 (OsMLO5)- identity=59.8; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03094 (Mlo) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995501 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057776791.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776791.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776791.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776791.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776791.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:55534690 |
G |
GCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B23,D2 |
Chr1:55534690 |
G |
GCT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B23,D2 |
Chr1:55534726 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C57 |
Chr1:55534850 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | B107,B2,B26,B3,B42,B43,B52,B71,B89,B91,C29,C55,D5 |
Chr1:55534903 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 58 | A15,A21,A24,A25,B10,B100,B11,B113,B123,B125,B126,B131,B136,B138,B14,B26,B33,B35,B5,B51,B54,B56,B58,B60,B63,B64,B65,B66,B76,B81,B82,B89,B90,B91,B92,B96,B98,C20,C21,C22,C27,C38,C39,C43,C47,C48,C49,C51,C52,C53,C57,C61,C75,C76,C87,C9,D6,D8 |
Chr1:55534910 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr1:55534968 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B115,B20,C28,C31 |
Chr1:55534968 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B115,B20,C28,C31 |
Chr1:55535497 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:55536407 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A21,B131,C22,C47,C52,C76,D8 |
Chr1:55536410 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:55536440 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776791.1PF03094
Mlo 9-453 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776791.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 9 | 453 | 2.1e-183 | 610.9 | Mlo family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。