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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003724

染色体: Chr01 坐标: 55553418-55558394 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003724
名称SmilChr01G003724
描述guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55553418 - 55558394 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995530
GeneID130995530
locus_tag-
NCBI NameLOC130995530
原始查询SmilChr01G003724

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 1
产物guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 1
ArabidopsisAT2G44100 (GDI1)
guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819016]
identity=84.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0418000 (OsGDI1)
-
identity=87.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005093 (Rab GDP-dissociation inhibitor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007264 (small GTPase-mediated signal transduction); GO:0015031 (protein transport); GO:0016192 (vesicle-mediated transport)
KEGG-
PfamPF00996 (GDI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995530

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776837.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057776837.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057776837.1
4 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057776837.1
5 Melanosome Melanosome 0.20000 XP_057776837.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55555095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B20,C28,C31
Chr1:55555445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:55556377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B75
Chr1:55556577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:55556618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,B57
Chr1:55558100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776837.1
444 aa
N
1
222
444
GDI
C
PF00996 GDI 1-433 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776837.1 Pfam PF00996 GDI Family 1 433 1.5e-233 775.8 GDP dissociation inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920854.1
TGATTTGGAAACTGAGCGTAGTTGGAGGATGCAGAGTGCAGATCATTCATTTACTTATAATAGAAACCAAATAAATTAAAAAGAACATCATTGCCTTCGAACAACACAGTATATATTTATGTATTCGGATTGACGTACAAAAAAATCTCACCTCCTCTGACTCTTGGAGAAAACCCTAGTCAGTTTGCCCCAAATCATTGATCCTATTGATCTGTGTGTCGGAATTTGTCATTTTTCTGTTTCTTTTAGATTGTTTTAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995530
ATGGATGAAGAGTACGATGTGATAGTGCTCGGAACCGGTCTCAAGGAATGCATCCTCAGCGGTCTTCTCTCCGTCGATGGCCTAAAGGTTCTACATATGGATCGCAATGACTACTATGGTGGGGAGTCAACTTCACTTAATCTTATTCAGCTTTGGAAGAGGTTTAGGGGAAGTGACAAGCCTCCAGCTCAGTTGGGTGCTAGCAGAGATTATAATGTTGATATGATCCCTAAGTATATTATGGCAAATGGTGCTCTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776837.1
MDEEYDVIVLGTGLKECILSGLLSVDGLKVLHMDRNDYYGGESTSLNLIQLWKRFRGSDKPPAQLGASRDYNVDMIPKYIMANGALVRVLIHTDVTKYLYFKAVDGSFVYNKGKIHKVPATDMEALKSPLMGIFEKRRARKFFIYVQDYKENDPKTHEGMDLTRVTAKELIAKYGLDDNTVDFIGHALALHRDDNYLKEPALDTVKRMKLYAESLARFAGGSPYIYPLYGLGELPQAFARLSAVYGGTYMLNKPECKVEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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