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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003727

染色体: Chr01 坐标: 55588948-55591894 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003727
名称SmilChr01G003727
描述uncharacterized SmilChr01G003727
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55588948 - 55591894 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995557
GeneID130995557
locus_tag-
NCBI NameLOC130995557
原始查询SmilChr01G003727

查看完整 ID 对照表

文献序列与新 ID 证据

这些记录来自论文中明确给出的 accession，并通过序列比对映射到当前参考版本。网站定位属于计算预测；论文中的实验定位和互作单独列出。

论文基因名Accession当前 ID比对置信度来源
SmLEA2
P026; 2016		 HQ676610 LOC130995557
SmilChr01G003727
GeneID 130995557		 protein; identity 99.687%; coverage 100.0% Exact or near-exact sequence match DOI

打开完整文献证据

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Late embryosis abundant protein, group 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819011]; symbol=AT2G44060; hit=AT2G44060; species=arabidopsis; confidence=high
产物Late embryosis abundant protein, group 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819011]; symbol=AT2G44060; hit=AT2G44060; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G44060 (AT2G44060)
Late embryosis abundant protein, group 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819011]
identity=72; qcov=0.991; evalue=1.43e-164; confidence=high
RiceOs03g0843300 (OsLEA7)
-
identity=71.6; qcov=0.868; evalue=2.98e-149; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0009269 (response to desiccation)
KEGG-
PfamPF03168 (LEA_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995557

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057776873.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776873.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776873.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776873.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776873.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55589856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:55589908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr1:55589941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B56,B96
Chr1:55589943 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C36
Chr1:55589987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:55590026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B46
Chr1:55590424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:55590431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:55590446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:55590563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B30,B57,B61,B64
Chr1:55590592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr1:55590685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776873.1
319 aa
N
1
160
319
LEA_2
LEA_2
C
PF03168 LEA_2 78-173 aa PF03168 LEA_2 204-298 aa
XP_057776880.1
317 aa
N
1
158
317
LEA_2
LEA_2
C
PF03168 LEA_2 78-173 aa PF03168 LEA_2 204-298 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776873.1 Pfam PF03168 LEA_2 Domain 78 173 3.9e-36 124.2 Late embryogenesis abundant protein
XP_057776873.1 Pfam PF03168 LEA_2 Domain 204 298 3.9e-36 124.2 Late embryogenesis abundant protein
XP_057776880.1 Pfam PF03168 LEA_2 Domain 78 173 3.8e-36 124.2 Late embryogenesis abundant protein
XP_057776880.1 Pfam PF03168 LEA_2 Domain 204 298 3.8e-36 124.2 Late embryogenesis abundant protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920897.1
AATTGAATTGATTTATGTAATGCATCATGGGATCGACAATTGTAAGGTCAAATGATACCCATCTATTTTTTACTTCCATTGACGAAACCAAACGTTGAGAGTATACCCACAACTACATTAAAAGCTACACCTTCCTTGGGTGGGTTAGTGATAATTATTACTGTTATAAAGGACCAAGATTAATAGCTCATCAATCACACATAAGAAAGATCTTGTTCTCCAACCTTACTTGCTCACTTCACTTGTTCTCGCTACTCCTG...
XM_057920890.1
GATTTATGTAATGCATCATGGGATCGACAATTGTAAGGTCAAATGATACCCATCTATTTTTTACTTCCATTGACGAAACCAAACGTTGAGAGTATACCCACAACTACATTAAAAGCTACACCTTCCTTGGGTGGGTTAGTGATAATTATTACTGTTATAAAGGACCAAGATTAATAGCTCATCAATCACACATAAGAAAGATCTTGTTCTCCAACCTTACTTGCTCACTTCACTTGTTCTCGCTACTCCTGCAGATATGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995557
ATGGCGTCTTATGATAAGCCAGATGTGTCCGAAAGGGAAGTGAGGGACAGAGGGGAGAAAGAGGAAAAGAAAGATGAGGAGAAGGGTGGCTTTTTGGACAAGGTTAAAGATTTCATCCACGACATAGGTGAGAAAATCGAGGAAGCAGTCGGAGTTGGGAAGCCGACTGCGGATGTTACCGAAATCCACATTCCCCATATCAGTATGGAGAAGGCCGAGATAGTTGTGGACGTCCTTGTCACGAACCCGAATCCTGTTCC...
LOC130995557
ATGGCGTCTTATGATAAGCCAGATGTGTCCGAAAGGGAAGTGAGGGACAGAGGGGAGAAAGAGGAAAAGAAAGATGAGGAGAAGGGTGGCTTTTTGGACAAGGTTAAAGATTTCATCCACGACATAGGTGAGAAAATCGAGGAAGCAGTCGGAGTTGGGAAGCCGACTGCGGATGTTACCGAAATCCACATTCCCCATATCAGTATGGAGAAGGCCGAGATAGTTGTGGACGTCCTTGTCACGAACCCGAATCCTGTTCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776873.1
MASYDKPDVSEREVRDRGEKEEKKDEEKGGFLDKVKDFIHDIGEKIEEAVGVGKPTADVTEIHIPHISMEKAEIVVDVLVTNPNPVPIPLIDINYLIESDGRKLVSGLIPDAGTIHAHGSETVKLPLCLIYDDIKSTYDDIQPGSVIPYRVKVDLIVDVPVFGRLTFPLEKTGEIPVPYKPQIDLEKVQFDKFSFEETTATLHLKLGNKNDFDLCLNDIDFEVWLCDVSIGRADLSKSTNIAKNGEGYIDVPITFRPKDC...
XP_057776880.1
MASYDKPDVSEREVRDRGEKEEKKDEEKGGFLDKVKDFIHDIGEKIEEAVGVGKPTADVTEIHIPHISMEKAEIVVDVLVTNPNPVPIPLIDINYLIESDGRKLVSGLIPDAGTIHAHGSETVKLPLCLIYDDIKSTYDDIQPGSVIPYRVKVDLIVDVPVFGRLTFPLEKTGEIPVPYKPQIDLEKVQFDKFSFEETTATLHLKLGNKNDFDLCLNDIDFEVWLCDVSIGRADLSKSTNIAKNGEGYIDVPITFRPKDC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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