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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003729

染色体: Chr01 坐标: 55598305-55600228 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003729
名称SmilChr01G003729
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55598305 - 55600228 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995576
GeneID130995576
locus_tag-
NCBI NameLOC130995576
原始查询SmilChr01G003729

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630
ArabidopsisAT1G68930 (AT1G68930)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843226]
identity=36.6; qcov=0.955; evalue=2.93e-118; confidence=medium
RiceOs10g0444500
-
identity=37.7; qcov=1.02; evalue=8.53e-133; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995576

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057776905.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776905.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776905.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776905.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776905.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55598419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:55598630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr1:55598751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:55598842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:55598871 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B117
Chr1:55598871 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B117
Chr1:55598982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:55599491 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,D2
Chr1:55599595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:55599612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,C8,D11
Chr1:55599733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,D4
Chr1:55600063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776905.1
572 aa
N
1
286
572
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
PPR
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 43-65 aa PF01535 PPR 145-169 aa PF01535 PPR 172-200 aa PF01535 PPR 245-267 aa PF13812 PPR_3 266-305 aa PF13041 PPR_2 272-319 aa PF01535 PPR 276-304 aa PF23276 TPR_24 284-355 aa PF13812 PPR_3 295-355 aa PF01535 PPR 310-339 aa PF01535 PPR 345-365 aa PF20431 E_motif 399-450 aa PF01535 PPR 411-440 aa PF14432 DYW_deaminase 491-572 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776905.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 43 65 6.4e-41 136.5 PPR repeat
XP_057776905.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 145 169 6.4e-41 136.5 PPR repeat
XP_057776905.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 172 200 6.4e-41 136.5 PPR repeat
XP_057776905.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 245 267 6.4e-41 136.5 PPR repeat
XP_057776905.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 266 305 8.5e-18 64.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776905.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 272 319 5.3e-46 155.2 PPR repeat family
XP_057776905.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 276 304 6.4e-41 136.5 PPR repeat
XP_057776905.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 284 355 2.4e-12 47.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057776905.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 295 355 8.5e-18 64.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776905.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 310 339 6.4e-41 136.5 PPR repeat
XP_057776905.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 345 365 6.4e-41 136.5 PPR repeat
XP_057776905.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 399 450 5.9e-15 56.0 E motif
XP_057776905.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 411 440 6.4e-41 136.5 PPR repeat
XP_057776905.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 491 572 3.4e-32 110.9 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920922.1
TGGGTTTAGAAGTAATGAACACTCAACTAGAGAAATACAGACGACTGTTGTTTCGCAAGCTAAAAAATGTTACAGTTCTTCGACGATGAATCAATGGCGACTCCGATTCCAAACCACGGCGTGGATCCACGCTGCTTACACGCACAAGCCATCAAGAAACACGTAATGCCCACACCTCAAAACATCGCCTTCTTCAACAACCTCATCACCCTCTACTCCAAATCCAAACTCCACTCCTCCGCTCTCCGCCTCTTCCACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995576
ATGTTACAGTTCTTCGACGATGAATCAATGGCGACTCCGATTCCAAACCACGGCGTGGATCCACGCTGCTTACACGCACAAGCCATCAAGAAACACGTAATGCCCACACCTCAAAACATCGCCTTCTTCAACAACCTCATCACCCTCTACTCCAAATCCAAACTCCACTCCTCCGCTCTCCGCCTCTTCCACTCCATCCCCTGCCCCAACACCGTCACCTGGACCTCCATCATCTCCGCCTCCGCCAACTCCCCCCTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776905.1
MLQFFDDESMATPIPNHGVDPRCLHAQAIKKHVMPTPQNIAFFNNLITLYSKSKLHSSALRLFHSIPCPNTVTWTSIISASANSPLACRLFLAMLRHPRRPRPNSRTFATLLRTCASLSDNSIGLQLQSLSIKLSFHNHPYVGSAFVSLYCKLKDLSAALKVFDEMPDRDEVCYSALINGLAQNHRPLDALRCFVEMKRECVASTFHSVSGAISAASKVAMLEQCVIVHGHAVVTGLDSDVYVATALVDGYGKCGVVEEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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