当前解析结果
SmilChr01G003747| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003747 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003747 |
| 描述 | outer envelope pore protein 37, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 55791943 - 55794855 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130996611 |
|---|---|
| GeneID | 130996611 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996611 |
| 原始查询 | SmilChr01G003747 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | outer envelope pore protein 37, chloroplastic-like |
| 产物 | outer envelope pore protein 37%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT2G43950 (OEP37)chloroplast outer envelope protein 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819000] identity=61.6; qcov=0.994; evalue=7.61e-137; confidence=high |
| Rice | Os02g0608900- identity=53.8; qcov=0.91; evalue=7.89e-114; confidence=high |
| GO | GO:0005216 (monoatomic ion channel activity); GO:0006812 (monoatomic cation transport); GO:0009707 (chloroplast outer membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28611 (OEP37) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996611 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057777893.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057777893.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777893.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777893.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777893.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:55792219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B51,B55,B67,C21,C35 |
Chr1:55792336 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B126 |
Chr1:55792336 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B126 |
Chr1:55793171 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr1:55794202 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A22 |
Chr1:55794600 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777893.1PF28611
OEP37 47-335 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777893.1 |
Pfam | PF28611 |
OEP37 | Family | 47 | 335 | 1.3e-150 | 501.0 | Outer envelope pore protein 37 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。