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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003762

染色体: Chr01 坐标: 56009360-56013216 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003762
名称SmilChr01G003762
描述ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56009360 - 56013216 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995773
GeneID130995773
locus_tag-
NCBI NameLOC130995773
原始查询SmilChr01G003762

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
产物ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
ArabidopsisAT2G31820 (AT2G31820)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817739]
identity=70.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0542700
-
identity=60.3; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0008157 (protein phosphatase 1 binding); GO:0019888 (protein phosphatase regulator activity); GO:0035304 (GO:0035304)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5); PF13962 (PGG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995773

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777169.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777169.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777169.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777169.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777169.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56009721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B11
Chr1:56009725 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B27
Chr1:56009725 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B27
Chr1:56009907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C56,C59,C84
Chr1:56010213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B22,B41
Chr1:56010264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:56010285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:56010393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr1:56010444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:56010788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C21
Chr1:56010790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr1:56010834 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777169.1
577 aa
N
1
288
577
Ank_2
Ank
Ank_2
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_2
Ank_4
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_5
Ank_2
Ank_3
Ank
PGG
C
PF12796 Ank_2 57-122 aa PF00023 Ank 64-91 aa PF12796 Ank_2 98-160 aa PF12796 Ank_2 138-198 aa PF00023 Ank 139-160 aa PF13606 Ank_3 139-164 aa PF12796 Ank_2 144-234 aa PF13637 Ank_4 145-194 aa PF00023 Ank 175-198 aa PF13637 Ank_4 178-228 aa PF12796 Ank_2 205-264 aa PF00023 Ank 207-231 aa PF13606 Ank_3 207-233 aa PF13637 Ank_4 212-259 aa PF12796 Ank_2 238-307 aa PF00023 Ank 242-263 aa PF13606 Ank_3 242-266 aa PF13857 Ank_5 270-317 aa PF12796 Ank_2 271-334 aa PF13606 Ank_3 276-304 aa PF00023 Ank 276-307 aa PF13962 PGG 388-501 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777169.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 57 122 2.5e-80 265.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057777169.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 64 91 8e-48 158.4 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 98 160 2.5e-80 265.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057777169.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 138 198 2.5e-80 265.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057777169.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 139 160 8e-48 158.4 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 139 164 3.5e-41 134.7 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 144 234 2.5e-80 265.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057777169.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 145 194 1.5e-35 121.1 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057777169.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 175 198 8e-48 158.4 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 178 228 1.5e-35 121.1 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057777169.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 205 264 2.5e-80 265.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057777169.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 207 231 8e-48 158.4 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 207 233 3.5e-41 134.7 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 212 259 1.5e-35 121.1 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057777169.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 238 307 2.5e-80 265.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057777169.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 242 263 8e-48 158.4 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 242 266 3.5e-41 134.7 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 270 317 8.1e-38 128.8 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057777169.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 271 334 2.5e-80 265.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057777169.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 276 304 3.5e-41 134.7 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 276 307 8e-48 158.4 Ankyrin repeat
XP_057777169.1 Pfam PF13962 PGG Domain 388 501 4.1e-29 101.4 Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921186.1
CACAGTTAAACAATTAAGACGCAAACAAAATACTAGTAATAAAGCACCAAATAAAAGTTGCTTTGTTATCCACCAAAAGAAAATACATTGCTGATTGCTCTTCAAAGTTAGGATTTTTCTAATAAAATTATTCTCTACCACATGTGATTGTGTTTCAGGTTAATCTTCAAGACAGAAGAATCCAGAGGGATTTTCCTTTGGCTTCAGCTGAAAGTGATATCTGAAACCAAACCTCGCTTCAAATTTGTTGCCTTTTCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995773
ATGGAGAAACAGACTAGTTTTCGGAATCCCATAATGGAAAAACAGCAGAGTTTTCGAAATGGGGCAATGGAGAAGCAGAAGAGCTTTAGGGGGTTGATGGAGAAGCAGAAGAGCTTCAGGATAGCAATGGAGAGGCAGATGAGTTTTGGTGGAGACCGGAAAAAGAGCAAGGATTCTCCGGGGAAACGAGGAGACACCCCCCTTCATCTTGCTGCTCGGCCAGGGAATTTGGGGAAGGTGAAGGAGATTATTCAAAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777169.1
MEKQTSFRNPIMEKQQSFRNGAMEKQKSFRGLMEKQKSFRIAMERQMSFGGDRKKSKDSPGKRGDTPLHLAARPGNLGKVKEIIQKMENINNGVRDLLSKQNQEGETPLYVAAENGHVLVVGEFMKYSDAETAAIPANNGYDPFHVAAKQGHLEVLKELLRFFPSLVMTTDITNSTALHTAAAQGHTDVVNLLLETDSNLAKIARNNGKSVLHTAARMGHLEVVKALLDKDPSIGFKTDRKGQTALHMAIKGQNVEIVRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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