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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003765`

染色体: Chr01 坐标: 56029544-56033376 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003765`
名称	SmilChr01G003765
描述	uncharacterized SmilChr01G003765
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56029544 - 56033376 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996497`
GeneID	`130996497`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996497`
原始查询	`SmilChr01G003765`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=33.2; qcov=0.793; evalue=5.23e-36; confidence=low
Rice	`Os11g0577650` - identity=46.2; qcov=0.951; evalue=9.45e-71; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996497

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777805.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057777806.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057777806.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777805.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057777805.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56030113`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B78,C43,C84
`Chr1:56030559`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B11,B114,B17,B73,C30
`Chr1:56030559`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B114,B17,B73,C30
`Chr1:56030576`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:56030587`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr1:56030609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C16,D3,D7
`Chr1:56030697`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B16,B45,C32
`Chr1:56030699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr1:56030700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,B23,B63,C13,C45
`Chr1:56030766`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B101
`Chr1:56030766`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B101
`Chr1:56030767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777805.1

407 aa

204

407

DUF8040

DDE_Tnp_1

DDE_Tnp_4

Plant_tran

PF26138 DUF8040 74-151 aa PF01609 DDE_Tnp_1 177-343 aa PF13359 DDE_Tnp_4 184-344 aa PF04827 Plant_tran 289-346 aa

XP_057777806.1

266 aa

133

266

DUF8040

PF26138 DUF8040 74-151 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777805.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	74	151	2.6e-22	79.2	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057777805.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	177	343	2.6e-09	37.8	Transposase DDE domain
`XP_057777805.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	184	344	1.7e-22	80.4	DDE superfamily endonuclease
`XP_057777805.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	289	346	5.8e-06	26.8	Plant transposon protein
`XP_057777806.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	74	151	1.3e-22	80.2	Domain of unknown function (DUF8040)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921823.1
TAGGGCCCGTTTGATATGGGTGTATATGCAGGATAAATTAAATTAATACAGCTTTGTGTGGTGTTTGATATCATGTGATATTAGTATGGTCAAACCCCACTTAATCCCACTTGTCTGTGTTATTTTGTAGGAATAATCCACACTAATAAACCGACCCCCCCCCCCTCCGATAAAAATAGTACCGCGAATCTGGATTAAATTTTTGCTACCCTTCATCACTATCGATGCAATTGCCCAAACCCTAGTTCCTCACACCATTT...

XM_057921822.1
ATATCTAGGGCCCGTTTGATATGGGTGTATATGCAGGATAAATTAAATTAATACAGCTTTGTGTGGTGTTTGATATCATGTGATATTAGTATGGTCAAACCCCACTTAATCCCACTTGTCTGTGTTATTTTGTAGGAATAATCCACACTAATAAACCGACCCCCCCCCCCTCCGATAAAAATAGTACCGCGAATCTGGATTAAATTTTTGCTACCCTTCATCACTATCGATGCAATTGCCCAAACCCTAGTTCCTCACAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130996497
ATGCCTGGAAGGGAAGATATTCGGTTGCGTGATATGCAATTTGTTTTGATCCAAGAAAGTTTGCGTGTACATGTCATACAAGTGGCATTGTTATTCGCATATTATTATAAGACTAGGTTAGGCAAGAGACGGCGTGAGTCAGGATCCCTAAAATGGGAGATAATCCGCAAAATGCCTGACCAAGCCAGACACTTAACCCGTTTATATGGTATTAGCGATGTTGACTGTATATCCAATCTTCGAATGGATCGTAGGACGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777805.1
MPGREDIRLRDMQFVLIQESLRVHVIQVALLFAYYYKTRLGKRRRESGSLKWEIIRKMPDQARHLTRLYGISDVDCISNLRMDRRTFARLCVILRDRGGLVDGRFVTVDEQVAMFLSVLAHHKKNRVVRFDFWRSGQTISHYVHTVLGAIIRLHDMFLSKPVAVPADCNDSRWRWFKGCLGALDGTYVSVMVGNEDKPRYRTRKGQISTNVLGVCDRYLNFSYVLAGWEGSAADSRILRDAISRPHGLKVPKGKYYLCDN...

XP_057777806.1
MPGREDIRLRDMQFVLIQESLRVHVIQVALLFAYYYKTRLGKRRRESGSLKWEIIRKMPDQARHLTRLYGISDVDCISNLRMDRRTFARLCVILRDRGGLVDGRFVTVDEQVAMFLSVLAHHKKNRVVRFDFWRSGQTISHYVHTVLGAIIRLHDMFLSKPVAVPADCNDSRWRWFKGCLGALDGTYVSVMVGNEDKPRYRTRKGQISTNVLGVCDRYLNFSYVLAGWEGSAADSRILRDAISRPHGLKVPKGWTTLLNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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