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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003773

染色体: Chr01 坐标: 56117076-56123250 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003773
名称SmilChr01G003773
描述2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56117076 - 56123250 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996570
GeneID130996570
locus_tag-
NCBI NameLOC130996570
原始查询SmilChr01G003773

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
产物2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
ArabidopsisAT5G16990 (AT5G16990)
Zinc-binding dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831562]
identity=63.9; qcov=0.991; evalue=1.52e-161; confidence=high
RiceOs04g0497000 (OsNADPH1)
-
identity=59.7; qcov=0.988; evalue=1.96e-151; confidence=high
GOGO:0032440 (2-alkenal reductase [NAD(P)H] activity)
KEGG-
PfamPF00107 (ADH_zinc_N); PF13602 (ADH_zinc_N_2); PF16884 (ADH_N_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996570

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057777845.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057777845.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057777845.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777845.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777845.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56121505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,B61
Chr1:56122352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C74,C8,D4
Chr1:56122520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C26
Chr1:56122835 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C26
Chr1:56122957 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 2 C10,C4
Chr1:56122957 G GCT 2bp_insertion CDS_variant 2 C10,C4
Chr1:56123060 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C81
Chr1:56123060 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C81
Chr1:56123062 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C81
Chr1:56123062 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777845.1
344 aa
N
1
172
344
ADH_N_2
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF16884 ADH_N_2 8-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 166-299 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 200-339 aa
XP_057777853.1
344 aa
N
1
172
344
ADH_N_2
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF16884 ADH_N_2 8-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 166-299 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 200-339 aa
XP_057777857.1
344 aa
N
1
172
344
ADH_N_2
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF16884 ADH_N_2 8-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 166-299 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 200-339 aa
XP_057777861.1
344 aa
N
1
172
344
ADH_N_2
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF16884 ADH_N_2 8-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 166-299 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 200-339 aa
XP_057777867.1
344 aa
N
1
172
344
ADH_N_2
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF16884 ADH_N_2 8-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 166-299 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 200-339 aa
XP_057777874.1
344 aa
N
1
172
344
ADH_N_2
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF16884 ADH_N_2 8-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 166-299 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 200-339 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777845.1 Pfam PF16884 ADH_N_2 Family 8 120 1.4e-22 80.4 N-terminal domain of oxidoreductase
XP_057777845.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 166 299 1.3e-25 90.5 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777845.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 200 339 2.8e-10 41.9 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777853.1 Pfam PF16884 ADH_N_2 Family 8 120 1.4e-22 80.4 N-terminal domain of oxidoreductase
XP_057777853.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 166 299 1.3e-25 90.5 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777853.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 200 339 2.8e-10 41.9 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777857.1 Pfam PF16884 ADH_N_2 Family 8 120 1.4e-22 80.4 N-terminal domain of oxidoreductase
XP_057777857.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 166 299 1.3e-25 90.5 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777857.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 200 339 2.8e-10 41.9 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777861.1 Pfam PF16884 ADH_N_2 Family 8 120 1.4e-22 80.4 N-terminal domain of oxidoreductase
XP_057777861.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 166 299 1.3e-25 90.5 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777861.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 200 339 2.8e-10 41.9 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777867.1 Pfam PF16884 ADH_N_2 Family 8 120 1.4e-22 80.4 N-terminal domain of oxidoreductase
XP_057777867.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 166 299 1.3e-25 90.5 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777867.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 200 339 2.8e-10 41.9 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777874.1 Pfam PF16884 ADH_N_2 Family 8 120 1.4e-22 80.4 N-terminal domain of oxidoreductase
XP_057777874.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 166 299 1.3e-25 90.5 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057777874.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 200 339 2.8e-10 41.9 Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921862.1
CGTAGCTTAGTTTCCTCCTACTTAACACCCCCAATCTTTCAGCTTCATCAACCACAAATTAGCTGATTTCATTCTCCTTCCAAACAATTCAGTCCATCGCATTCCCCAGCAAACTTCTATCTCTCATATCTCAATTTCAAGAACTCTCACAATCGCTCCAGAATACCTGCAAGTATTTATAATCTACCAAATCAACAGTTCTTCCACAACCCATTCTCATAAATTCAAGAAACCGAAATTATTTTCACAGAGGTCCTACA...
XM_057921878.1
CGTAGCTTAGTTTCCTCCTACTTAACACCCCCAATCTTTCAGCTTCATCAACCACAAATTAGCTGATTTCATTCTCCTTCCAAACAATTCAGTCCATCGCATTCCCCAGCAAACTTCTATCTCTCATATCTCAATTTCAAGAACTCTCACAATCGCTCCAGAATACCTGCAAGTATTTATAATCTACCAAATCAACAGTTCTTCCACAACCCATTCTCATAAATTCAAGAAACCGAAATTATTTTCACAGAGGTCCTACA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130996570
ATGGCGGAGGAAGTGAGCAACAAACAGGTGATATTCAAGGGCTACATAAATGGATATCCCAAAGAATCTGATATGATTCTGAAAACCTCGACAATCAAACTGAAGGTGCCGGAAGGCTGCAGCGACGCCGTTTTGGTGAAGAATCTCTACTTGTCCTGCGATCCTTACATGCGCAGCCGCATGACCAAAACCGACCACAACTATATTCCTGTCTTTACCCCTGCCTTGCCAATTATAGGAGCCGGAGTGGCCAAAGTGCT...
LOC130996570
ATGGCGGAGGAAGTGAGCAACAAACAGGTGATATTCAAGGGCTACATAAATGGATATCCCAAAGAATCTGATATGATTCTGAAAACCTCGACAATCAAACTGAAGGTGCCGGAAGGCTGCAGCGACGCCGTTTTGGTGAAGAATCTCTACTTGTCCTGCGATCCTTACATGCGCAGCCGCATGACCAAAACCGACCACAACTATATTCCTGTCTTTACCCCTGCCTTGCCAATTATAGGAGCCGGAGTGGCCAAAGTGCT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057777845.1
MAEEVSNKQVIFKGYINGYPKESDMILKTSTIKLKVPEGCSDAVLVKNLYLSCDPYMRSRMTKTDHNYIPVFTPALPIIGAGVAKVLDSSNPNFKKDELIWGMTGWEEYSLIKSTEGLFKIQDTDVPLSYYTGILGWSGLSAYVGIYEISCPKQGETVFISAASGAVGQIVGQFAKLLGCYVVGSAGTKDKVDLLKTKFGFDYAFNYKEEADLNAALKRYFTKGIDIYFDNVGGEMLEAALLNMKLNGRIVACGMISQYN...
XP_057777853.1
MAEEVSNKQVIFKGYINGYPKESDMILKTSTIKLKVPEGCSDAVLVKNLYLSCDPYMRSRMTKTDHNYIPVFTPALPIIGAGVAKVLDSSNPNFKKDELIWGMTGWEEYSLIKSTEGLFKIQDTDVPLSYYTGILGWSGLSAYVGIYEISCPKQGETVFISAASGAVGQIVGQFAKLLGCYVVGSAGTKDKVDLLKTKFGFDYAFNYKEEADLNAALKRYFTKGIDIYFDNVGGEMLEAALLNMKLNGRIVACGMISQYN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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