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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003779

染色体: Chr01 坐标: 56182250-56184975 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003779
名称SmilChr01G003779
描述UDP glycosyltransferase 9-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56182250 - 56184975 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995935
GeneID130995935
locus_tag-
NCBI NameLOC130995935
原始查询SmilChr01G003779

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP glycosyltransferase 9-like
产物UDP glycosyltransferase 9-like
ArabidopsisAT1G05680 (UGT74E2)
Uridine diphosphate glycosyltransferase 74E2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837075]
identity=42.4; qcov=0.987; evalue=5.55e-118; confidence=medium
RiceOs09g0518000 (OsUGT74H4)
-
identity=38.9; qcov=1.03; evalue=2.36e-90; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995935

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057777429.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057777429.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777429.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777429.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777429.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56182908 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B73,B93
Chr1:56182908 CCG C 2bp_deletion CDS_variant 2 B73,B93
Chr1:56182912 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B73,B93
Chr1:56182912 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 B73,B93
Chr1:56182914 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 17 B12,B133,B19,B21,B26,B32,B41,B52,B56,B99,C15,C30,C41,C60,C63,D1,D5
Chr1:56182919 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 17 B12,B133,B19,B21,B26,B32,B41,B52,B56,B99,C15,C30,C41,C60,C63,D1,D5
Chr1:56182923 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 13 B12,B21,B26,B32,B41,B56,B99,C15,C30,C41,C60,C63,D1
Chr1:56182949 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 7 B12,B26,B99,C15,C30,C6,C63
Chr1:56182971 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 11 B100,B114,B12,B26,B99,C10,C30,C5,C50,C63,C84
Chr1:56183005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:56183007 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 10 B100,B114,B12,B26,B99,C10,C30,C50,C63,C84
Chr1:56183009 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 10 B100,B12,B26,B99,C10,C30,C5,C50,C63,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777429.1
452 aa
N
1
226
452
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 256-411 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777429.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 256 411 5.9e-24 85.5 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921446.1
CAACTCAGTTTTTGACAGCATCGAGCACTACAGCATATAACAATGCACGTCCAAATTCAAAGCATCAAATCATACGAAACCAACAAATAATAGCTGCACTCCAAAACCTTTAATTTCGGTCAAATCTCAAAGTTTATCATCCAAAAAAAAAAAAAAGGTGAAATTACAGCATCCACATGAACTCAGATGGAAAATCAAACTTTGTAATTCCCGCTGTAGAAAAACATTGCAATTCACTACATATATATTTGCTGCTCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995935
ATGGGTATAGAAGTAGCAGCTAGGAAGCCTCAAGTCGTAGTCGTCCCATTCCCGGGACAGGGCCACATCAATCCCGCCCTAGCATTCGCCAACTGCTTAGCCACCAAAGGCTTGGCCGTCACCGTCGTCGTCGCCACCAGCGTCGCCAAATCCGCCAGCTTCTCCGATTGCGCCTCACTCACCATACGCACCGTCTCCGACGGCTCGGAGCACGTGGACGGAATCGAGACCATGGAGGCTTTCTTCAATCGCTTCCGATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777429.1
MGIEVAARKPQVVVVPFPGQGHINPALAFANCLATKGLAVTVVVATSVAKSASFSDCASLTIRTVSDGSEHVDGIETMEAFFNRFRCDFARNLADFIDEHMSCARAIIYDSIMPWMLDIAKERGLLGASFFTQTCGVSAVFHHLGRGLLLRYPYEDGVTVALPALPPLEKRDLPSFFHLVDPDQLCVKLLTDQFSNIERADWIFFNTFDKLETEIIEWMKRRWPAMATVGPTFLLDHQHKNHSISLFEAKQDACREWLDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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