Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003790`

染色体: Chr01 坐标: 56288453-56290831 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003790`
名称	SmilChr01G003790
描述	uncharacterized SmilChr01G003790
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56288453 - 56290831 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996601`
GeneID	`130996601`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996601`
原始查询	`SmilChr01G003790`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818980]; symbol=AT2G43770; hit=AT2G43770; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818980]; symbol=AT2G43770; hit=AT2G43770; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G43770` (AT2G43770) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818980] identity=79.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0653800` (OsWD40-133) - identity=75.4; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777883.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057777883.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057777883.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057777883.1`
5	Midbody	Midbody	0.20000	`XP_057777883.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56289517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A5,B124,C61,C78
`Chr1:56289739`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr1:56290031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr1:56290165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr1:56290462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,C21,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777883.1

341 aa

170

341

WD40

PF00400 WD40 43-79 aa PF00400 WD40 88-122 aa PF00400 WD40 126-165 aa PF00400 WD40 179-206 aa PF00400 WD40 212-248 aa PF00400 WD40 257-298 aa PF00400 WD40 304-338 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777883.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	43	79	3.2e-59	195.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057777883.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	88	122	3.2e-59	195.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057777883.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	126	165	3.2e-59	195.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057777883.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	179	206	3.2e-59	195.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057777883.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	212	248	3.2e-59	195.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057777883.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	257	298	3.2e-59	195.5	WD domain, G-beta repeat
`XP_057777883.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	304	338	3.2e-59	195.5	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921900.1
CAACCCATTAAGATATACTCAGTTTTTCTCTAAAGCATAAAACAACTGAACCCAACTACGAGATTTTCGATCCCTCCATTTTTCTGTCAAATCTTCAGCTGTTCCAGTACTTTCTTGAAGAACCCTAGGTTAGGGTTTTAGAACTAGTTAATCGAAGAGCTGAAGTTGGCGACTGTTGTTGTCTTCTTATTCATTATCTTACTAAGAGAGAAACGTAAACGAATATGCAAGTTGAAAGTGCTCTATCTGTGGTTGGTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996601
ATGCAAGTTGAAAGTGCTCTATCTGTGGTTGGTCCAAAGCCCACAGAGTTGTCAAATTTCACACACAGCTTTGGCCCACCTGGGTCAGGACCCAATGGGAAACAGCGAACATCCAGCTTAGAAGCACCTATAATGTTACTGTCTGGGCATCAGAGTGCAGTCTACTCAATGAAGTTTAACCCTGCTGGGACTGTCATTGCATCTGGTTCACATGACAGGGATATCTTCTTGTGGAATGTGCAAGGTGATTGCAAAAATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777883.1
MQVESALSVVGPKPTELSNFTHSFGPPGSGPNGKQRTSSLEAPIMLLSGHQSAVYSMKFNPAGTVIASGSHDRDIFLWNVQGDCKNFMVLRGHKNAVLDVQWNTDGSQIISTSPDKTLRAWDVETGKQIKKMVGHLFVVNSCCPARRGPPLIVSGSDDGTAKLWDMRQRGSIQSFPDKYQITAVSFSDASDKIYTGGIDNDVKVWDLRRTDPVMKLQGHQDMITGMQLSPDGSYLLTNSMDCSLRIWDMRPYAPQNRCVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器