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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003791

染色体: Chr01 坐标: 56291429-56297288 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003791
名称SmilChr01G003791
描述probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g17430
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56291429 - 56297288 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996386
GeneID130996386
locus_tag-
NCBI NameLOC130996386
原始查询SmilChr01G003791

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g17430
产物probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g17430
ArabidopsisAT3G17430 (AT3G17430)
Nucleotide-sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821007]
identity=76.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0702700
-
identity=85.1; qcov=0.54; evalue=4.17e-116; confidence=medium
GOGO:0005768 (endosome); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0015297 (antiporter activity)
KEGG-
PfamPF03151 (TPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996386

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057777796.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057777796.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777796.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777796.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777796.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56291703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:56291950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr1:56293517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr1:56294631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777796.1
372 aa
N
1
186
372
TPT
C
PF03151 TPT 11-297 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777796.1 Pfam PF03151 TPT Family 11 297 8.4e-22 78.6 Triose-phosphate Transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921813.1
CTATTCCAATTTCCAATTTCCCAAATAATTTTAAAAAATAGAAGAACCTGAAATTTTAGATTAAAATAAAAACAATCATAAAATAGTACTCCACTAAAAGCGAAGAAATAAATCCGAAAAGTTTAACGTGGTTGAAAACTGAAGAGGAAAACGAAAATACTTATAAAACACACATCGCCATTACTATTAGCGAAGCACTGAGATCTGGAAGAGGTTTTTACTTCTCTGATTCATCGCCACCCAAGATTCGTTCAGTGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996386
ATGATCAGCAAACACCTTCTGCTAACATACCTGTATCTCTTAGTATATATAACGCTATCCTCGGGAGTTATTCTGTATAACAAGTGGGTTCTCTCACCAAAGTATTTCAATTTCCCATTGCCGATAACACTTACCATGATTCATATGGGCTTTTCGGCTTTCGTGGCATTTGTTCTTATCCGTGTTCTTAAGGTTGTATCACCTGTGAAGATGACTTTTGAAATATACGCGACATGTGTAATTCCTATTAGTGCTTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777796.1
MISKHLLLTYLYLLVYITLSSGVILYNKWVLSPKYFNFPLPITLTMIHMGFSAFVAFVLIRVLKVVSPVKMTFEIYATCVIPISAFFAASLWFGNTAYLFISVAFIQMLKALMPVATFLMAVLCGTDKLRCDLFLNMLLVSFGVVISSYGEIHFNVVGTVYQVTGIFAEALRLVLTQVLLQKKGLTLNPITSLYYIAPCSFVFLFVPWYLLEMPGIEVSQIRFNFWIFFSNALCALALNFSIFLVIGRTGAVTIRVAGVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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