Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003795`

染色体: Chr01 坐标: 56336337-56338990 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003795`
名称	SmilChr01G003795
描述	stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56336337 - 56338990 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996402`
GeneID	`130996402`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996402`
原始查询	`SmilChr01G003795`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase, chloroplastic-like
产物	stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT2G43710` (SSI2) Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818973] identity=78.2; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0919900` (OsSSI2) - identity=77.2; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process); GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0045300 (stearoyl-[ACP] desaturase activity)
KEGG	smil00061 (Fatty acid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01040 (Biosynthesis of unsaturated fatty acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03405 (FA_desaturase_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996402

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057777797.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057777797.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057777797.1`
4	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057777797.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777797.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56336785`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B98,B99
`Chr1:56336837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,B65,B99,C49,C55
`Chr1:56336981`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	22	A2,A9,B126,B13,B132,B135,B19,B27,B48,B63,B65,B68,B90,B92,C10,C22,C42,C43,C45,C50,C80,D2
`Chr1:56337020`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr1:56338209`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,C41,C52
`Chr1:56338260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr1:56338338`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B13,B140,B35,B91,C13,D6
`Chr1:56338462`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B110
`Chr1:56338462`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B110
`Chr1:56338464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B110
`Chr1:56338541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C82
`Chr1:56338601`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A7,B111,B5,B60,B72,B80,B84,B86,B88,B98,B99,C31,C55,C7,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777797.1

368 aa

184

368

FA_desaturase_2

PF03405 FA_desaturase_2 40-362 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777797.1`	Pfam	`PF03405`	FA_desaturase_2	Domain	40	362	2.1e-153	510.6	Fatty acid desaturase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921814.1
TGCATATGTGTAAGTCTCTTCACCATCTCTCTCTCAAGTCTCAATGGCCCTGACGCTGAGTGCCATCACCTTCCAAAAATGCCCCTCCTTCGCTCTCCCATCTCCCGCCTTATGCATGGCTCGCTCTGCTTCTAAGTAAGCTCCTTATTTATTTTCAGTGCATATTTCCTGCTCTCTCTATCACTCTGCTTCATGTGTTGGAAACCTCATCATTGCCTTGCATAAGCCAAGAAATATGCTCTTGAATGTTAATACTTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996402
ATGTGCCTGCACTGCACTGCACGAATCTTTTGTAGAGATATTGAGACTATAAAGAAGCCTTTCATCAGTCCACAACAAAAAGTGCATGTTCAAGTAACAACACACTCCATGCCTCCACAAAAAATGGAGATATTTAAATCTTTGGAAGGTTGGGCTGAGGATAATGTGCTAATCCACCTCAAGCCTGTAGAAACTTGCTGGCAGCCTCAGGATTTCCTGCCGGATCCGTGTCGTGATGACTTTCAGGAGCAGGTGAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777797.1
MCLHCTARIFCRDIETIKKPFISPQQKVHVQVTTHSMPPQKMEIFKSLEGWAEDNVLIHLKPVETCWQPQDFLPDPCRDDFQEQVKELRERAKGIPDDYFVVLVGDMITEEALPTYQTYLNTFDGVRDETGASPTPWAVWNRAWTAEENRHGHLLNKYLYLSGRVDMKLIDKTIQYLIGSGMDVGTQNNPYLGFIYTSFQERATFISHGNTARLAKKHGDIKLAQICGTIAADEKRHEAAYTKISGKLFEMDPDATVLAF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器