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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003812`

染色体: Chr01 坐标: 56492209-56494291 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003812`
名称	SmilChr01G003812
描述	uncharacterized SmilChr01G003812
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56492209 - 56494291 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996674`
GeneID	`130996674`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996674`
原始查询	`SmilChr01G003812`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TRAF-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821002]; symbol=AT3G17380; hit=AT3G17380; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	TRAF-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821002]; symbol=AT3G17380; hit=AT3G17380; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G17380` (AT3G17380) TRAF-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821002] identity=35.8; qcov=1.01; evalue=4.63e-53; confidence=medium
Rice	`Os01g0771400` (OsM2) - identity=28.1; qcov=0.418; evalue=3.25e-13; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00917 (MATH); PF22486 (MATH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996674

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057777958.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057777958.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057777958.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777958.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777958.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56492381`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B117,C12,C75,D11
`Chr1:56492383`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B101,B117,C75,D11
`Chr1:56492383`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B101,B117,C75,D11
`Chr1:56492467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C85
`Chr1:56492993`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B28,C57
`Chr1:56492993`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B28,C57
`Chr1:56493419`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B36,C10,C19,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777958.1

306 aa

153

306

MATH_2

MATH

MATH_2

MATH

PF22486 MATH_2 23-144 aa PF00917 MATH 40-146 aa PF22486 MATH_2 166-290 aa PF00917 MATH 172-291 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777958.1`	Pfam	`PF22486`	MATH_2	Domain	23	144	1.5e-52	178.1	MATH domain
`XP_057777958.1`	Pfam	`PF00917`	MATH	Domain	40	146	7.5e-18	65.6	MATH domain
`XP_057777958.1`	Pfam	`PF22486`	MATH_2	Domain	166	290	1.5e-52	178.1	MATH domain
`XP_057777958.1`	Pfam	`PF00917`	MATH	Domain	172	291	7.5e-18	65.6	MATH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921975.1
TTTTTGTTTCGGACTCTTAAATACACTATTTAAGTAGAGAATTTTGAGGGTTGAGACTAGGAAGATAAATTTCTTAACAGAGGCATTGAACAACAAGCAACAATGGCACTGCTTCCAGCGGATGATCAAGATGAATACACTCTGGAAACAAGAGATATTTCGCCGGCGCACTTGCTGACCAAAATCGAGTCTTTTTCAATGCTATGGAAGCATGAGATTAAGACATTAGAATCTTCAGAATTTGAGTCCGGAGGCTACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996674
ATGGCACTGCTTCCAGCGGATGATCAAGATGAATACACTCTGGAAACAAGAGATATTTCGCCGGCGCACTTGCTGACCAAAATCGAGTCTTTTTCAATGCTATGGAAGCATGAGATTAAGACATTAGAATCTTCAGAATTTGAGTCCGGAGGCTACAAATGGAAAGTGAGAATGAATTTTGATAAGAGTGGCGACATTTCTGCAAACTTGTGTATGGTAGGAACAAGCTCTCTACCTAGAGGCTGGGAGGTTAATGCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777958.1
MALLPADDQDEYTLETRDISPAHLLTKIESFSMLWKHEIKTLESSEFESGGYKWKVRMNFDKSGDISANLCMVGTSSLPRGWEVNAIFNLFLYNHISDNYLCFRGKARRFHAINPECGFSKLITKESMTNGYLFKDKCVFGAEVFVMKKAPLIQNVCVHNVSNPYKHEWKISQFSKLQGIWKSEEFSTGGYKWNIRIYPNGDGRACGRYVSVFLYCVDSKSFGCGKKLNASCHFTFKNMLNATKDHSMEVNHWFTCSSSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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