当前解析结果
SmilChr01G003813| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003813 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003813 |
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-3, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 56517249 - 56520956 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130996798 |
|---|---|
| GeneID | 130996798 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996798 |
| 原始查询 | SmilChr01G003813 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-3, chloroplastic-like |
| 产物 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-3%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT2G43560 (AT2G43560)FKBP-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818958] identity=70.8; qcov=1; evalue=1.38e-102; confidence=high |
| Rice | Os08g0541400 (OsFKBP16-3)- identity=72.5; qcov=0.889; evalue=8.87e-93; confidence=high |
| GO | GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00254 (FKBP_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996798 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057778075.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057778075.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.80000 | XP_057778075.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778075.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778075.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:56518023 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B19,B21,B87 |
Chr1:56518194 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C74,D4 |
Chr1:56519990 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778075.1PF00254
FKBP_C 123-215 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778075.1 |
Pfam | PF00254 |
FKBP_C | Domain | 123 | 215 | 6e-21 | 75.3 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。