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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003814

染色体: Chr01 坐标: 56521142-56521909 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003814
名称SmilChr01G003814
描述uncharacterized SmilChr01G003814
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56521142 - 56521909 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996918
GeneID130996918
locus_tag-
NCBI NameLOC130996918
原始查询SmilChr01G003814

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818956]; symbol=AT2G43540; hit=AT2G43540; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818956]; symbol=AT2G43540; hit=AT2G43540; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G43540 (AT2G43540)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818956]
identity=49.1; qcov=0.994; evalue=2.61e-47; confidence=medium
RiceOs04g0495300
-
identity=42.2; qcov=0.988; evalue=1.7e-34; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996918

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057778177.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057778177.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057778177.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057778177.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778177.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56521351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,C1,C41,C52
Chr1:56521397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr1:56521457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922194.1
AAAACAATTAATCCAACTTAATAATGTAAAATAAAATAAACGACAGAAATGAATTGGGACAGGTCCTGAAAAATAAAATCAACCCAACACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAATCCCCAATGGGTCTCTCAGCTTCAAAGCGAGTCCAAAACACCCTCCAAAAATCAGCCGACTTCAACTCCGCCTGCGCCACCGTCTTCGCCGACTGCCTCTCCCTGAGCCAACACGCCTTCGCCGGAGTCAGAGCCTACCAGCTATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996918
ATGGGTCTCTCAGCTTCAAAGCGAGTCCAAAACACCCTCCAAAAATCAGCCGACTTCAACTCCGCCTGCGCCACCGTCTTCGCCGACTGCCTCTCCCTGAGCCAACACGCCTTCGCCGGAGTCAGAGCCTACCAGCTATCCGACGCCGCCGAGCGCCTCCACGCCGCCCTATCCGACTCCCTCCCCCTCATCTCCAAGTGGCTCCCCACCCCTCCCGACCGGGCCCAAGTGGACCGGGCTCTCAAGACCGTCCTCTCCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778177.1
MGLSASKRVQNTLQKSADFNSACATVFADCLSLSQHAFAGVRAYQLSDAAERLHAALSDSLPLISKWLPTPPDRAQVDRALKTVLSRRPVQEEEITLDEAEFKEFAVEVFADAIVSKAVAEVLKRLPLGVAGIAGFGVVLRPGNDVVVAAIGAYALGLVTLIYLGLDG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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