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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003820

染色体: Chr01 坐标: 56546620-56550205 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003820
名称SmilChr01G003820
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7a-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56546620 - 56550205 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996912
GeneID130996912
locus_tag-
NCBI NameLOC130996912
原始查询SmilChr01G003820

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7a-like
产物mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7a-like
ArabidopsisAT5G03500 (AT5G03500)
Mediator complex, subunit Med7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831822]
identity=79.2; qcov=1; evalue=4.52e-87; confidence=high
RiceOs04g0661800 (OsMED7)
-
identity=81; qcov=1; evalue=4.09e-81; confidence=high
GOGO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0016592 (mediator complex); GO:0070847 (core mediator complex)
KEGG-
PfamPF05983 (Med7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996912

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778164.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057778164.1
3 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057778164.1
4 Nuclear body 核内小体 0.60000 XP_057778164.1
5 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057778164.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56546767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:56546803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B65,B91,C57
Chr1:56546866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B4,C36,C53
Chr1:56547185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C57
Chr1:56548584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B65,B91,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778164.1
168 aa
N
1
84
168
Med7
C
PF05983 Med7 4-158 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778164.1 Pfam PF05983 Med7 Family 4 158 1.4e-44 153.3 MED7 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922181.1
GTTATAAAATGACATTTTCTGTGTGTAGAAAAGTGAAAATTCACGAAAAAAATACTCCTCTTCACTTGAGTGACAGTAATTGCCGATCGTCTCTCTCAGATCCTTCTTCGTTCTCTCGCTAGCATTCCTCTCCGATAATCCGATGGCGACGGCGACTTATCCACCGCCGCCGCCGTATTACAGGCTCTACAAAAACTATTCCGAGGATCCCGATTCCTGCCCCGCGCCGCCGCCTCCTATTCAGGGCCCCTACCTCCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996912
ATGGCGACGGCGACTTATCCACCGCCGCCGCCGTATTACAGGCTCTACAAAAACTATTCCGAGGATCCCGATTCCTGCCCCGCGCCGCCGCCTCCTATTCAGGGCCCCTACCTCCTCTATGGCGCCAGCTACACGACGGATGATGTCCTTCCAGGTCTAGAAGAACAGGGTGTTCGTCAGTTGTACCCTAAAGGGCCCAATATCGATTTCAAGAAAGAGCTCAGGTCTCTTAACAGGGAATTGCAGTTAAATATTTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778164.1
MATATYPPPPPYYRLYKNYSEDPDSCPAPPPPIQGPYLLYGASYTTDDVLPGLEEQGVRQLYPKGPNIDFKKELRSLNRELQLNILELADVLVERPSQYARRVEDISLIFKNLYHLLNSLRPHQARATLIHILELQIQRRKQAVEDIKRRREEAQRLLTEALGTLDGQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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