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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003821

染色体: Chr01 坐标: 56550967-56554598 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003821
名称SmilChr01G003821
描述APO protein 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56550967 - 56554598 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995942
GeneID130995942
locus_tag-
NCBI NameLOC130995942
原始查询SmilChr01G003821

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述APO protein 1, chloroplastic-like
产物APO protein 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G64810 (APO1)
APO RNA-binding protein (DUF794) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842789]
identity=68; qcov=0.872; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0615500 (OsISC39)
-
identity=64.2; qcov=0.867; evalue=1.46e-173; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF05634 (APO_RNA-bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995942

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057777444.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777444.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057777444.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057777444.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057777444.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56551621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:56551626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B136,B51,B66,C77
Chr1:56552462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:56552470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:56552642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,D7
Chr1:56552651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,D7
Chr1:56552652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:56552660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,D7
Chr1:56552663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:56552739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B81,C12,C77
Chr1:56553032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C59
Chr1:56553203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777444.1
446 aa
N
1
223
446
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 76-270 aa PF05634 APO_RNA-bind 312-424 aa
XP_057777452.1
446 aa
N
1
223
446
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 76-270 aa PF05634 APO_RNA-bind 312-424 aa
XP_057777460.1
446 aa
N
1
223
446
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 76-270 aa PF05634 APO_RNA-bind 312-424 aa
XP_057777469.1
446 aa
N
1
223
446
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 76-270 aa PF05634 APO_RNA-bind 312-424 aa
XP_057777475.1
444 aa
N
1
222
444
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 74-268 aa PF05634 APO_RNA-bind 310-422 aa
XP_057777482.1
444 aa
N
1
222
444
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 74-268 aa PF05634 APO_RNA-bind 310-422 aa
XP_057777491.1
444 aa
N
1
222
444
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 74-268 aa PF05634 APO_RNA-bind 310-422 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777444.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 76 270 3.3e-128 425.7 APO RNA-binding
XP_057777444.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 312 424 3.3e-128 425.7 APO RNA-binding
XP_057777452.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 76 270 3.3e-128 425.7 APO RNA-binding
XP_057777452.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 312 424 3.3e-128 425.7 APO RNA-binding
XP_057777460.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 76 270 3.3e-128 425.7 APO RNA-binding
XP_057777460.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 312 424 3.3e-128 425.7 APO RNA-binding
XP_057777469.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 76 270 3.3e-128 425.7 APO RNA-binding
XP_057777469.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 312 424 3.3e-128 425.7 APO RNA-binding
XP_057777475.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 74 268 3.5e-128 425.6 APO RNA-binding
XP_057777475.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 310 422 3.5e-128 425.6 APO RNA-binding
XP_057777482.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 74 268 3.5e-128 425.6 APO RNA-binding
XP_057777482.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 310 422 3.5e-128 425.6 APO RNA-binding
XP_057777491.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 74 268 3.5e-128 425.6 APO RNA-binding
XP_057777491.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 310 422 3.5e-128 425.6 APO RNA-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921469.1
ATTCAGATTTTTCATAAACAATAAATTACTAGTACTAATTTTTATTGTTCCCACTCTCTTTCTCCCGTTGTCCCCTTTCACTCTCGGCACTCTTCAGTATCAGTAAAACAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCCAGAAATTCAGCACACTGCACACCATATCTTTCTCTCTCTCTCTCTTAGCTTCACCCACGTCGCCCGCACCATCTCACACCAATCTCTCCTTCTTCGCCAACTCG...
XM_057921477.1
AGATTTTTCATAAACAATAAATTACTAGTACTAATTTTTATTGTTCCCACTCTCTTTCTCCCGTTGTCCCCTTTCACTCTCGGCACTCTTCAGTATCAGTAAAACAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCCAGAAATTCAGCACACTGCACACCATATCTTTCTCTCTCTCTCTCTTAGCTTCACCCACGTCGCCCGCACCATCTCACACCAATCTCTCCTTCTTCGCCAACTCGCCGA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130995942
ATGCTCCAACAACCATCGATTGGTGCTTTTGTGCCATGGACTCCACCAAACGGGGGTGCTTCACTAGGTCCGGTAGAAATTAAGACGTATGATACTCCAGTTCCAAGATCAATTTTCCATGGACAAAAGTTTCAGGTTCGCCTTGTGTGTACCAATACTAATTCCAGATTGAGACCAGAAATATTCTGTTGCGGATATAGAAGGACTAACTATCGTCGTGGCGTGAGGAAGCATGAGATATTACCCCAGAATGTGGATCT...
LOC130995942
ATGCTCCAACAACCATCGATTGGTGCTTTTGTGCCATGGACTCCACCAAACGGGGGTGCTTCACTAGGTCCGGTAGAAATTAAGACGTATGATACTCCAGTTCCAAGATCAATTTTCCATGGACAAAAGTTTCAGGTTCGCCTTGTGTGTACCAATACTAATTCCAGATTGAGACCAGAAATATTCTGTTGCGGATATAGAAGGACTAACTATCGTCGTGGCGTGAGGAAGCATGAGATATTACCCCAGAATGTGGATCT...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057777444.1
MLQQPSIGAFVPWTPPNGGASLGPVEIKTYDTPVPRSIFHGQKFQVRLVCTNTNSRLRPEIFCCGYRRTNYRRGVRKHEILPQNVDLPPVLPKKKKKPFPIPLKKIQEAAREDKRLAQMGIEKPLEPPRNGILVPDLIPVAYEVLDAWKVLISGLAQLLHVVPVHACSECSEIHVAQIGHKIQDCHGPTSGSRRSYHSWIKGSINDVLTPIESYHMYDPYGRRIKHETRFSYDRIPAVVELCIQAGVELPEYPSRRRTEP...
XP_057777452.1
MLQQPSIGAFVPWTPPNGGASLGPVEIKTYDTPVPRSIFHGQKFQVRLVCTNTNSRLRPEIFCCGYRRTNYRRGVRKHEILPQNVDLPPVLPKKKKKPFPIPLKKIQEAAREDKRLAQMGIEKPLEPPRNGILVPDLIPVAYEVLDAWKVLISGLAQLLHVVPVHACSECSEIHVAQIGHKIQDCHGPTSGSRRSYHSWIKGSINDVLTPIESYHMYDPYGRRIKHETRFSYDRIPAVVELCIQAGVELPEYPSRRRTEP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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