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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003834

染色体: Chr01 坐标: 56663262-56668879 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003834
名称SmilChr01G003834
描述uncharacterized SmilChr01G003834
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56663262 - 56668879 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995680
GeneID130995680
locus_tag-
NCBI NameLOC130995680
原始查询SmilChr01G003834

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GPI-anchored adhesin-like protein, putative (DUF936) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837398]; symbol=AT1G08760; hit=AT1G08760; species=arabidopsis; confidence=high
产物GPI-anchored adhesin-like protein, putative (DUF936) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837398]; symbol=AT1G08760; hit=AT1G08760; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G08760 (AT1G08760)
GPI-anchored adhesin-like protein, putative (DUF936) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837398]
identity=55; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0541500
-
identity=48.6; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF06075 (CORD_N); PF21647 (CORD_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995680

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057777053.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057777053.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057777053.1
4 Phragmoplast Phragmoplast 0.60000 XP_057777060.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057777053.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56663967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr1:56663985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr1:56664077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr1:56664134 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr1:56666032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C47
Chr1:56666635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:56666767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B19,B83,B95
Chr1:56667457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr1:56667591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B37
Chr1:56667767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:56667788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B11
Chr1:56667792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777053.1
740 aa
N
1
370
740
CORD_N
CORD_C
C
PF06075 CORD_N 4-120 aa PF21647 CORD_C 399-724 aa
XP_057777060.1
735 aa
N
1
368
735
CORD_N
CORD_C
C
PF06075 CORD_N 4-120 aa PF21647 CORD_C 394-719 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777053.1 Pfam PF06075 CORD_N Domain 4 120 5.8e-59 197.8 CORD, N-terminal domain
XP_057777053.1 Pfam PF21647 CORD_C Domain 399 724 8.2e-109 364.8 CORD, C-terminal domain
XP_057777060.1 Pfam PF06075 CORD_N Domain 4 120 5.8e-59 197.9 CORD, N-terminal domain
XP_057777060.1 Pfam PF21647 CORD_C Domain 394 719 8.1e-109 364.8 CORD, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921070.1
CTGGCATCAATAATACATATAAATACTTTGTTTTTCCCTTTTTTATGTCTTTCATTTCCCATGTTCAGAAACCAAACTTTGGACACATGCTCTCTCTCTCTCTCAAGCAGTAGTAATAATTCTTATGAGAAAGGTCTGCCTTTTTACCCATCTGGATTTTGCTGAATTAAATACACACACATCTATCTTCATGTAGTACTTTTTTATTTGGTCTTGTTCAGCTGTATCCATCACTTGCTTACAAACCTATTTTTTCTTAA...
XM_057921077.1
TCAATAATACATATAAATACTTTGTTTTTCCCTTTTTTATGTCTTTCATTTCCCATGTTCAGAAACCAAACTTTGGACACATGCTCTCTCTCTCTCTCAAGCAGTAGTAATAATTCTTATGAGAAAGGTCTGCCTTTTTACCCATCTGGATTTTGCTGAATTAAATACACACACATCTATCTTCATGTAGTACTTTTTTATTTGGTCTTGTTCAGCTGTATCCATCACTTGCTTACAAACCTATTTTTTCTTAATTAATT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995680
ATGGCAACTTTAGTCCCCGGGGTTTTGCTAAAGCTACTGCAGCACATGAACACGGACGTGAAGGTCGCGGGGGAGCACCGCTCATCGCTGCTGCAGGTCGTCAGCATCGTCCCCGCGCTGGCCGCCGGCGAGCTCTTCCCGAATCAAGGGTTTTACCTCAAGGTATCCGACTCCTCACATGCTACTTACGTGTCTTTGCCTGATGAGCATGATGATCTAATTCTCAGTGATAAGATTCAATTGGGTCAGTTTGTTCATGT...
LOC130995680
ATGGCAACTTTAGTCCCCGGGGTTTTGCTAAAGCTACTGCAGCACATGAACACGGACGTGAAGGTCGCGGGGGAGCACCGCTCATCGCTGCTGCAGGTCGTCAGCATCGTCCCCGCGCTGGCCGCCGGCGAGCTCTTCCCGAATCAAGGGTTTTACCTCAAGGTATCCGACTCCTCACATGCTACTTACGTGTCTTTGCCTGATGAGCATGATGATCTAATTCTCAGTGATAAGATTCAATTGGGTCAGTTTGTTCATGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777053.1
MATLVPGVLLKLLQHMNTDVKVAGEHRSSLLQVVSIVPALAAGELFPNQGFYLKVSDSSHATYVSLPDEHDDLILSDKIQLGQFVHVERLEAASPVPILRGVRPVPGRHPCVGTPEDIVATHSLGFLNNNGNPSPASRAIDKSRSGSKLLGNAGVRDGKSNPSGLNGGLKEDRKAPGLTRSKSQLSKLSLSVDVKKDSVEGKLKSSGSRSIPSSPTSCYSLPTSFEKFSSGVRNQAKIKGLERLEKASGVSGSKEKPSPL...
XP_057777060.1
MATLVPGVLLKLLQHMNTDVKVAGEHRSSLLQVVSIVPALAAGELFPNQGFYLKVSDSSHATYVSLPDEHDDLILSDKIQLGQFVHVERLEAASPVPILRGVRPVPGRHPCVGTPEDIVATHSLGFLNNNGNPSPASRAIDKSRSGSKLLGNAGVRDGKSNPSGLNGGLKEDRKAPGLTRSKSQLSKLSLSVDVKKDSVEGKLKSSGSRSIPSSPTSCYSLPTSFEKFSSGVRNQAKIKGLERLEKASGVSGSKEKPSPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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