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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003836

染色体: Chr01 坐标: 56708052-56712476 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003836
名称SmilChr01G003836
描述probable plastidic glucose transporter 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56708052 - 56712476 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995807
GeneID130995807
locus_tag-
NCBI NameLOC130995807
原始查询SmilChr01G003836

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable plastidic glucose transporter 1
产物probable plastidic glucose transporter 1
ArabidopsisAT1G05030 (AT1G05030)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839340]
identity=76.3; qcov=0.85; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0394500
-
identity=69.9; qcov=0.839; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015149 (hexose transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995807

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057777223.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057777223.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777223.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777223.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777223.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56709927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B130,B7,D4
Chr1:56710724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr1:56712166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,C25,C76,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777223.1
527 aa
N
1
264
527
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 90-520 aa PF07690 MFS_1 95-444 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777223.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 90 520 7.1e-102 342.3 Sugar (and other) transporter
XP_057777223.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 95 444 2.7e-21 76.6 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921240.1
GCCATATTGTTTAACATTGGTAGGAAATAGAGAATTTGAGAAAACCGTACTCCCTGCTACATTTATTGTACTTTGCAATGAATAGCTACTGATCACTCATCACCGACTCATTCACCTCAACACAAACATCCATTCTTGATTTTTCTTCTCGTGATTCAGATGTTAGGGGCTTCTCCATCTCCATTGCTCTTCACCCCAAGATGTCACCCAATAATTCCCCTCTATCCTTCCACAATTTCATCCAACAAATTCAAGAACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995807
ATGTTAGGGGCTTCTCCATCTCCATTGCTCTTCACCCCAAGATGTCACCCAATAATTCCCCTCTATCCTTCCACAATTTCATCCAACAAATTCAAGAACCCATTTTCTATTTCCTTTTCTCGCTCATTCTCCAACAAGAACTTCAAAATCACCCCTGCGAAGAAGGATCCGGCTCCCGATTTGGGGCCCCACAGCAATAAAATCCTAGATGATGAAAATGGCGGTGAGGAGGTGGATTTTGGGTGGTTGCCTGCATTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777223.1
MLGASPSPLLFTPRCHPIIPLYPSTISSNKFKNPFSISFSRSFSNKNFKITPAKKDPAPDLGPHSNKILDDENGGEEVDFGWLPAFPHVLTASMSNFLFGYHIGVMNGPIVSIAKELGFEANSFLEGLVVSIFIGGAFIGSISCGYLVDKLGYCRTFQLVTIPLVLGAIVSAQAHSLEEILFGRFLVGLGIGVNTVLVPIYISEVAPTNFRGLLGTFSQIGTCLGIIVSLFLAIPSENDPHWWRIILYVASVPGIALALG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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