Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003845

染色体: Chr01 坐标: 56767810-56771462 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003845
名称SmilChr01G003845
描述APO protein 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向56767810 - 56771462 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995982
GeneID130995982
locus_tag-
NCBI NameLOC130995982
原始查询SmilChr01G003845

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述APO protein 1, chloroplastic-like
产物APO protein 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G64810 (APO1)
APO RNA-binding protein (DUF794) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842789]
identity=68.2; qcov=0.865; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0615500 (OsISC39)
-
identity=64.2; qcov=0.867; evalue=1.9e-173; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF05634 (APO_RNA-bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995982

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057777501.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777501.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057777501.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057777501.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057777501.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:56768880 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:56769417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:56769420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,A6,A9,D1
Chr1:56769480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B115,B33
Chr1:56769786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:56769789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:56769807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:56769979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr1:56769987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,C37,D7
Chr1:56770056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777501.1
446 aa
N
1
223
446
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 76-270 aa PF05634 APO_RNA-bind 312-424 aa
XP_057777509.1
446 aa
N
1
223
446
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 76-270 aa PF05634 APO_RNA-bind 312-424 aa
XP_057777513.1
446 aa
N
1
223
446
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 76-270 aa PF05634 APO_RNA-bind 312-424 aa
XP_057777514.1
444 aa
N
1
222
444
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 74-268 aa PF05634 APO_RNA-bind 310-422 aa
XP_057777520.1
444 aa
N
1
222
444
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 74-268 aa PF05634 APO_RNA-bind 310-422 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777501.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 76 270 2.9e-128 425.9 APO RNA-binding
XP_057777501.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 312 424 2.9e-128 425.9 APO RNA-binding
XP_057777509.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 76 270 2.9e-128 425.9 APO RNA-binding
XP_057777509.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 312 424 2.9e-128 425.9 APO RNA-binding
XP_057777513.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 76 270 2.9e-128 425.9 APO RNA-binding
XP_057777513.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 312 424 2.9e-128 425.9 APO RNA-binding
XP_057777514.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 74 268 3e-128 425.8 APO RNA-binding
XP_057777514.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 310 422 3e-128 425.8 APO RNA-binding
XP_057777520.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 74 268 3e-128 425.8 APO RNA-binding
XP_057777520.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 310 422 3e-128 425.8 APO RNA-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921526.1
TTGTTCCCACTCTCTTTCTCCCGTTGTCCCCTTTCACTCTCGGCACACTTCAGTATCAGTAAACCAGTCTCTCTCTCTCTCAATCCAGAAATTCAGCACACCATATCTTTCTTTCTCTCTCTCTTAGCTTCACCCACGTCGCCCGCACCATCTCACACCAATCTCTCCTTCTTCGCCAACTCGCCGAAATTCAAGCGCCGGCGCGAGGTGCTGCTCGCCGTCCGAGTGTCGCTGCCTCCGTGAGCTTAGACCGCCGCTGT...
XM_057921530.1
GAATTCAGATTTTTGACAAACAATAAATTACTAGTACTAATTTTTATTGTTCCCACTCTCTTTCTCCCGTTGTCCCCTTTCACTCTCGGCACACTTCAGTATCAGTAAACCAGTCTCTCTCTCTCTCAATCCAGAAATTCAGCACACCATATCTTTCTTTCTCTCTCTCTTAGCTTCACCCACGTCGCCCGCACCATCTCACACCAATCTCTCCTTCTTCGCCAACTCGCCGAAATTCAAGCGCCGGCGCGAGGTGCTGC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130995982
ATGCTCCAACAACCATCGATTGGTGCTTTTGTGCCATGGACTCCACCAAACGGGGGTGCTTCACTAGGTCCGGTAGAAATTAAGACGTATGATACTCCAGTTCCAAGACCAATTTTCCATGGACAAAAGGTTCGCCTTGTGTATACCAATACTAATTCCAGATTGAGACCAGAAATATTCTGTTGCGGATATAGAAGGACTAACTATCGTCGTGGCGTGAGGAAGCATGAGATATTACCCCAGAATGTGGATCTTCCACC...
LOC130995982
ATGCTCCAACAACCATCGATTGGTGCTTTTGTGCCATGGACTCCACCAAACGGGGGTGCTTCACTAGGTCCGGTAGAAATTAAGACGTATGATACTCCAGTTCCAAGACCAATTTTCCATGGACAAAAGGTTCGCCTTGTGTATACCAATACTAATTCCAGATTGAGACCAGAAATATTCTGTTGCGGATATAGAAGGACTAACTATCGTCGTGGCGTGAGGAAGCATGAGATATTACCCCAGAATGTGGATCTTCCACC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057777501.1
MLQQPSIGAFVPWTPPNGGASLGPVEIKTYDTPVPRPIFHGQKFQVRLVYTNTNSRLRPEIFCCGYRRTNYRRGVRKHEILPQNVDLPPVLPKKKKKPFPIPLKKIQEAAREDKRLAQMGIEKPLEPPRNGILVPDLIPVAYEVLDAWKVLISGLAQLLHVVPVHACSECSEIHVAQIGHKIQDCHGPTSGSRRSYHSWIKGSINDVLTPIESYHMYDPYGRRIKHETRFSYDRIPAVVELCIQAGVELPEYPSRRRTEP...
XP_057777509.1
MLQQPSIGAFVPWTPPNGGASLGPVEIKTYDTPVPRPIFHGQKFQVRLVYTNTNSRLRPEIFCCGYRRTNYRRGVRKHEILPQNVDLPPVLPKKKKKPFPIPLKKIQEAAREDKRLAQMGIEKPLEPPRNGILVPDLIPVAYEVLDAWKVLISGLAQLLHVVPVHACSECSEIHVAQIGHKIQDCHGPTSGSRRSYHSWIKGSINDVLTPIESYHMYDPYGRRIKHETRFSYDRIPAVVELCIQAGVELPEYPSRRRTEP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器