Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003852`

染色体: Chr01 坐标: 56800933-56801689 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003852`
名称	SmilChr01G003852
描述	uncharacterized SmilChr01G003852
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56800933 - 56801689 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010442`
GeneID	`131010442`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010442`
原始查询	`SmilChr01G003852`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818956]; symbol=AT2G43540; hit=AT2G43540; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818956]; symbol=AT2G43540; hit=AT2G43540; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G43540` (AT2G43540) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818956] identity=49.1; qcov=0.861; evalue=1.66e-46; confidence=medium
Rice	`Os04g0495300` - identity=41; qcov=0.856; evalue=5.19e-33; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010442

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057793952.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057793952.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.60000	`XP_057793952.1`
4	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057793952.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793952.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56800995`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C69
`Chr1:56801080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,C48,C49
`Chr1:56801097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr1:56801288`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B126
`Chr1:56801288`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B126
`Chr1:56801619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr1:56801636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr1:56801641`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	1	B65
`Chr1:56801641`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B65
`Chr1:56801646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr1:56801647`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B65,B70,C39,D2
`Chr1:56801669`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B42,B65,B70,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937969.1
ATGGGTCTCTCAGCTTCAAAGCGAGTCCAAAACACCCTCCAAAAATCAGCCGACTTCAACTCCGCCTGCGCCACCGTCTTCGCCGACTGCCTCTCCCTGAGCCAACACGCCTTCGCCGGAGTCAGAGCCTACCAGCTATCCGACGCCGCCGAGCGCCTCCACGCCGCCCTATCCGACTCCGTCCCCCTCATCTCCAAGTGGCTCCCCACCCCGCCCGACCGGGCCCAAGTGGACCGGGCTCTCAAGACCGTCCTCTCCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010442
ATGGGTCTCTCAGCTTCAAAGCGAGTCCAAAACACCCTCCAAAAATCAGCCGACTTCAACTCCGCCTGCGCCACCGTCTTCGCCGACTGCCTCTCCCTGAGCCAACACGCCTTCGCCGGAGTCAGAGCCTACCAGCTATCCGACGCCGCCGAGCGCCTCCACGCCGCCCTATCCGACTCCGTCCCCCTCATCTCCAAGTGGCTCCCCACCCCGCCCGACCGGGCCCAAGTGGACCGGGCTCTCAAGACCGTCCTCTCCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793952.1
MGLSASKRVQNTLQKSADFNSACATVFADCLSLSQHAFAGVRAYQLSDAAERLHAALSDSVPLISKWLPTPPDRAQVDRALKTVLSRRPVQEEEITLDEAEFKDFAVEVFADAIVSKAVAEVLKRLPLGVAGIAGFGVVVRPGNDVVVAAIGAYALGLVTLIYLGLDGVGFRDGNGPDLDRILLGSDPDPNFLI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器