Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003873`

染色体: Chr01 坐标: 56981778-56983715 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003873`
名称	SmilChr01G003873
描述	protein CURLY FLAG LEAF 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56981778 - 56983715 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997487`
GeneID	`130997487`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997487`
原始查询	`SmilChr01G003873`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CURLY FLAG LEAF 1-like
产物	protein CURLY FLAG LEAF 1-like
Arabidopsis	`AT4G08910` (AT4G08910) homeobox protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826469] identity=58.8; qcov=0.209; evalue=1.33e-09; confidence=weak
Rice	`Os11g0294400` - identity=46.3; qcov=0.902; evalue=1.38e-34; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00397 (WW)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778802.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778802.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778802.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778802.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057778802.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56981948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B130,B7,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778802.1

163 aa

163

PF00397 WW 52-82 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778802.1`	Pfam	`PF00397`	WW	Domain	52	82	2.3e-07	31.4	WW domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922819.1
CAATAAATTCAGAGGTTTTGGTTTCTCAATATAATGAGTAGTGTTATAAATGCGGTTTTATGAGACTCAGTTGTTGGATTTAGGCATTAAAGTGACATCTACTTGTCACCATTTAATGCTTGGCCTGCCCTCCTTTTCATTAATCTTCCATCACATATATATGTTTATAAATAAATACATATAAGTCTCTCTCTCTCCCCCCTTATAACTTTGCATGCCCTACCATATTCTTCTTCTTCAAAATCCACTTCTCCCTCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997487
ATGGAATTCACCCAACTGTCTCTGGCCGGAGGCCTTTATGCCGATGGCAAAAGCGGCGGCGGCGACGACGGCGGTGAAACAGGCCTCCCCATGAAGAGAAAATGGAGCACAGAAGCTTTTCCAAACACTGTTGATCTTCAACTTAAACACCCTTTGCCTTCTGACTGGGAGCAATGTCTTGATCTTCAATCAGGTAGAATGTTTTATGTAAACCGAAAGACATCAAGAAAGAGCTGGATGAGGCCGGAGGAACAGAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778802.1
MEFTQLSLAGGLYADGKSGGGDDGGETGLPMKRKWSTEAFPNTVDLQLKHPLPSDWEQCLDLQSGRMFYVNRKTSRKSWMRPEEQKLDLELNISTGHNIGQKENSSSSSSSSSSNMVALACSNCHLLVILCRSSPSCPNCKYVHSLASSSPKAKAPAPSSWGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器