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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003879

染色体: Chr01 坐标: 57111588-57117490 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003879
名称SmilChr01G003879
描述phosphopantetheine adenylyltransferase
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57111588 - 57117490 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997539
GeneID130997539
locus_tag-
NCBI NameLOC130997539
原始查询SmilChr01G003879

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphopantetheine adenylyltransferase
产物phosphopantetheine adenylyltransferase
ArabidopsisAT2G18250 (COAD)
4-phosphopantetheine adenylyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816341]
identity=74.7; qcov=0.913; evalue=1.76e-87; confidence=high
RiceOs07g0179400
-
identity=68.8; qcov=0.908; evalue=4.09e-74; confidence=high
GOGO:0004140 (dephospho-CoA kinase activity); GO:0004595 (pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity); GO:0015937 (coenzyme A biosynthetic process)
KEGGsmil00770 (Pantothenate and CoA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01467 (CTP_transf_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997539

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778893.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057778882.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057778865.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778865.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778865.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:57113854 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:57114472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:57116445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B47,B59,C73,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778865.1
245 aa
N
1
122
245
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 20-159 aa
XP_057778873.1
245 aa
N
1
122
245
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 20-159 aa
XP_057778882.1
205 aa
N
1
102
205
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 7-119 aa
XP_057778893.1
178 aa
N
1
89
178
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 20-159 aa
XP_057778900.1
173 aa
N
1
86
173
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 20-159 aa
XP_057778907.1
173 aa
N
1
86
173
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 20-159 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778865.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 20 159 1.2e-12 48.9 Cytidylyltransferase-like
XP_057778873.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 20 159 1.2e-12 48.9 Cytidylyltransferase-like
XP_057778882.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 7 119 0.00032 21.6 Cytidylyltransferase-like
XP_057778893.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 20 159 5.3e-13 50.0 Cytidylyltransferase-like
XP_057778900.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 20 159 4.9e-13 50.2 Cytidylyltransferase-like
XP_057778907.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 20 159 4.9e-13 50.2 Cytidylyltransferase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922882.1
AGTCAAACACGAAGTCTTTTGTTTTTTAGAGCAAACACGAAATCTTTTTTTTTTTGAGGCGACACAAAATCTTGATTGGCTTATTTATTCTAATTCCTAAATCCCTAAATAATTCTAATTCCTAAATCCCTAAAACACTGCCGCACATAAACACCCAAAAGTCAAAACCACCGCACCGCCACCTCTCCTCAGTCGCCGGTCCGCCGCCACTACCTGTGAGCGAGTCAACCAGCAGCCATCAGTGAGCGCGTCAGCCAGCA...
XM_057922917.1
CTTTTGTTTTTTAGAGCAAACACGAAATCTTTTTTTTTTTGAGGCGACACAAAATCTTGATTGGCTTATTTATTCTAATTCCTAAATCCCTAAATAATTCTAATTCCTAAATCCCTAAAACACTGCCGCACATAAACACCCAAAAGTCAAAACCACCGCACCGCCACCTCTCCTCAGTCGCCGGTCCGCCGCCACTACCTGTGAGCGAGTCAACCAGCAGCCATCAGTGAGCGCGTCAGCCAGCAGCTCAGCAGCTGCCC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130997539
ATGGCAACTTCGGATAGTAATTTAAGCATGTCTCCTCCCGGTTCTTATGGTGCGGTGGTTCTAGGCGGAACCTTTGATCGTTTGCATGATGGCCACCGTCAATTTCTCAAGGCTGCGGCGATGGTAGCTAGAGATCGAATTGTGATTGGTGTTTGCGATGGCCATATGCTCGTTAATAAGCAGTATTCTAATCTGATCGAACCAGTTGAACAAAGAATGAAAAATGTTGAAGAATTCATAAAGTCCGTAAATTCAGAGCT...
LOC130997539
ATGGCAACTTCGGATAGTAATTTAAGCATGTCTCCTCCCGGTTCTTATGGTGCGGTGGTTCTAGGCGGAACCTTTGATCGTTTGCATGATGGCCACCGTCAATTTCTCAAGGCTGCGGCGATGGTAGCTAGAGATCGAATTGTGATTGGTGTTTGCGATGGCCATATGCTCGTTAATAAGCAGTATTCTAATCTGATCGAACCAGTTGAACAAAGAATGAAAAATGTTGAAGAATTCATAAAGTCCGTAAATTCAGAGCT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057778865.1
MATSDSNLSMSPPGSYGAVVLGGTFDRLHDGHRQFLKAAAMVARDRIVIGVCDGHMLVNKQYSNLIEPVEQRMKNVEEFIKSVNSELVVQVEPIVDPYGPSIVDENLEAIIVSKETYPGGLSVNKKRAERGLSQLKIEVVDLVPEESTGEKLSSTALRRMEAEKARKLQLEARLSWSPGILPLLYFLSCIPKMVRKRKIYRMSTTVPTRVQELGRKFSSYQWKHNEGVEENLWVMLKLCDYYVSE
XP_057778873.1
MATSDSNLSMSPPGSYGAVVLGGTFDRLHDGHRQFLKAAAMVARDRIVIGVCDGHMLVNKQYSNLIEPVEQRMKNVEEFIKSVNSELVVQVEPIVDPYGPSIVDENLEAIIVSKETYPGGLSVNKKRAERGLSQLKIEVVDLVPEESTGEKLSSTALRRMEAEKARKLQLEARLSWSPGILPLLYFLSCIPKMVRKRKIYRMSTTVPTRVQELGRKFSSYQWKHNEGVEENLWVMLKLCDYYVSE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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