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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003881

染色体: Chr01 坐标: 57136399-57143925 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003881
名称SmilChr01G003881
描述clathrin interactor EPSIN 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57136399 - 57143925 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997579
GeneID130997579
locus_tag-
NCBI NameLOC130997579
原始查询SmilChr01G003881

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述clathrin interactor EPSIN 2
产物clathrin interactor EPSIN 2
ArabidopsisAT2G43160 (AT2G43160)
ENTH/VHS family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818918]
identity=51.9; qcov=0.917; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0806600 (OJ1111_C07.17-1)
-
identity=53.4; qcov=0.547; evalue=1.81e-150; confidence=medium
GOGO:0005543 (phospholipid binding); GO:0005768 (endosome); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006897 (endocytosis); GO:0030125 (clathrin vesicle coat); GO:0030276 (clathrin binding)
KEGGsmil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01417 (ENTH); PF07651 (ANTH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778927.1
2 Vesicle 囊泡 1.00000 XP_057778927.1
3 Clathrin-coated vesicle Clathrin-coated vesicle 0.80000 XP_057778927.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057778927.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.60000 XP_057778927.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:57137520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:57137770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,D7
Chr1:57138193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr1:57138347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr1:57139258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B89,C34,C82,C87,D8
Chr1:57139273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr1:57141005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:57141042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B109
Chr1:57141664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr1:57141694 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B47,B59,C73,D1
Chr1:57141704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C8
Chr1:57141743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778927.1
953 aa
N
1
476
953
ENTH
ANTH
C
PF01417 ENTH 25-146 aa PF07651 ANTH 27-130 aa
XP_057778936.1
953 aa
N
1
476
953
ENTH
ANTH
C
PF01417 ENTH 25-146 aa PF07651 ANTH 27-130 aa
XP_057778942.1
952 aa
N
1
476
952
ENTH
ANTH
C
PF01417 ENTH 25-146 aa PF07651 ANTH 27-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778927.1 Pfam PF01417 ENTH Repeat 25 146 1.7e-49 167.7 ENTH domain
XP_057778927.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 27 130 1e-05 25.4 ANTH domain
XP_057778936.1 Pfam PF01417 ENTH Repeat 25 146 1.7e-49 167.7 ENTH domain
XP_057778936.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 27 130 1e-05 25.4 ANTH domain
XP_057778942.1 Pfam PF01417 ENTH Repeat 25 146 1.7e-49 167.7 ENTH domain
XP_057778942.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 27 130 1e-05 25.4 ANTH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922959.1
AAGACAGCTAATTTCCATTCAATTCGACGAATTTTCTTTCACGGAGCATCTCTTTTTCCTTTTCATTTCGCCTTACAATCTCCCTCTCCCTCCCTCTCTCTCTCCTCCCCTCTCGATCTCGATCTCGACAGCCATTCATCAACGCCATATCTTCAGATCTAGCATACGGTGAAGGAGGCTGTGAATTTCTCAGGCAAAAAAAATTGATCGAGTGAGTTAGCTAATTCGGCATCTCTCAGGCAAGGGTGGAATGAAGAAAG...
XM_057922953.1
AGACAGCTAATTTCCATTCAATTCGACGAATTTTCTTTCACGGAGCATCTCTTTTTCCTTTTCATTTCGCCTTACAATCTCCCTCTCCCTCCCTCTCTCTCTCCTCCCCTCTCGATCTCGATCTCGACAGCCATTCATCAACGCCATATCTTCAGATCTAGCATACGGTGAAGGAGGCTGTGAATTTCTCAGGCAAAAAAAAATTGATCGAGTGAGTTAGCTAATTCGGCATCTCTCAGGCAAGGGTGGAATGAAGAAAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130997579
ATGAAGAAAGTTTTTGATCAAACTGTCCGTGACATTAAGAGAGGGGTCAACAAGAAAGTTCTTAAAGTCCCTTCAATAGAACAGAAGGTTCTTGATGCAACTAGCAATGAGCCCTGGGGTCCCCATGGATCCCTTCTTGCTGATATTGCTCAGGCAACTAGAAACTATCACGAGTATCAGATGATCATATCAGTAATATGGAAGCGTATAAATGATACTGGAAAAAATTGGCGGCATGTCTACAAGGCATTGACTGTCTT...
LOC130997579
ATGAAGAAAGTTTTTGATCAAACTGTCCGTGACATTAAGAGAGGGGTCAACAAGAAAGTTCTTAAAGTCCCTTCAATAGAACAGAAGGTTCTTGATGCAACTAGCAATGAGCCCTGGGGTCCCCATGGATCCCTTCTTGCTGATATTGCTCAGGCAACTAGAAACTATCACGAGTATCAGATGATCATATCAGTAATATGGAAGCGTATAAATGATACTGGAAAAAATTGGCGGCATGTCTACAAGGCATTGACTGTCTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057778927.1
MKKVFDQTVRDIKRGVNKKVLKVPSIEQKVLDATSNEPWGPHGSLLADIAQATRNYHEYQMIISVIWKRINDTGKNWRHVYKALTVLEYLIAHGSERVIDDIKEHAYQISTLSDFQYIDSSGRDQGNNVRKKSQSIVVLVNDKERIQEVRQKAAANRDKFRSTPTGGMYHPGSGGYGDRYDDDRYGNRDDDRNGYGRDREWGSRDEDRYGRYGESYGRDGDRYGRDNEERFGRDGYKDDEYRGRSQGNDDYNYGSRSRSA...
XP_057778936.1
MKKVFDQTVRDIKRGVNKKVLKVPSIEQKVLDATSNEPWGPHGSLLADIAQATRNYHEYQMIISVIWKRINDTGKNWRHVYKALTVLEYLIAHGSERVIDDIKEHAYQISTLSDFQYIDSSGRDQGNNVRKKSQSIVVLVNDKERIQEVRQKAAANRDKFRSTPTGGMYHPGSGGYGDRYDDDRYGNRDDDRNGYGRDREWGSRDEDRYGRYGESYGRDGDRYGRDNEERFGRDGYKDDEYRGRSQGNDDYNYGSRSRSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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