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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003884`

染色体: Chr01 坐标: 57164211-57166340 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003884`
名称	SmilChr01G003884
描述	uncharacterized SmilChr01G003884
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	57164211 - 57166340 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010514`
GeneID	`131010514`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010514`
原始查询	`SmilChr01G003884`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G29750` (AT3G29750) Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822661] identity=27.4; qcov=0.19; evalue=1.37e-09; confidence=weak
Rice	`Os04g0191000` - identity=30.6; qcov=0.437; evalue=1.55e-37; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02160 (Peptidase_A3); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010514

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057794044.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057794044.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057794044.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057794044.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794044.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:57164219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B33,B77,C11,C69
`Chr1:57164276`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr1:57164344`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr1:57164412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr1:57164841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C87
`Chr1:57164841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr1:57164892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,C64
`Chr1:57164895`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr1:57164968`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C23,D10
`Chr1:57164982`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr1:57164983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,C41
`Chr1:57164985`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794044.1

709 aa

354

709

PEG10_N-capsid

gag-asp_proteas

Asp_protease_2

Peptidase_A3

RVP_2

PRO_PEG10-RTL1

PF03732 PEG10_N-capsid 82-153 aa PF13975 gag-asp_proteas 408-493 aa PF13650 Asp_protease_2 409-491 aa PF02160 Peptidase_A3 412-491 aa PF08284 RVP_2 414-494 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 414-509 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794044.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	82	153	8.5e-09	36.4	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057794044.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	408	493	1.1e-07	33.0	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057794044.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	409	491	5.9e-08	34.0	Aspartyl protease
`XP_057794044.1`	Pfam	`PF02160`	Peptidase_A3	Family	412	491	5.2e-06	26.8	Cauliflower mosaic virus peptidase (A3)
`XP_057794044.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	414	494	1.4e-14	54.8	Retroviral aspartyl protease
`XP_057794044.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	414	509	7.6e-12	46.4	PEG10/RTL1 protease domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938061.1
ATGGCCACGCAAAAGAAACGTCTGGAACAGATGGAGAAGATGGTAGATGACTTGCAGACAACGGTCGGCTCGGTAGCAGGCAAGGTCGAGGGTTTGGAGGGTTCCATGGCATCCGTTGAGAGCACCCTAGCCTCCATCCTGGCACAACTTCGGAACTTGACCAAGACTCGTGGGCCTGAAATCACGGGCGAGAAGACAACCCCTCCACCTGGCGGTGGTGGACTGCAGGAGCCTTCGTTTCCGCGGATGGATCTTCCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010514
ATGGCCACGCAAAAGAAACGTCTGGAACAGATGGAGAAGATGGTAGATGACTTGCAGACAACGGTCGGCTCGGTAGCAGGCAAGGTCGAGGGTTTGGAGGGTTCCATGGCATCCGTTGAGAGCACCCTAGCCTCCATCCTGGCACAACTTCGGAACTTGACCAAGACTCGTGGGCCTGAAATCACGGGCGAGAAGACAACCCCTCCACCTGGCGGTGGTGGACTGCAGGAGCCTTCGTTTCCGCGGATGGATCTTCCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794044.1
MATQKKRLEQMEKMVDDLQTTVGSVAGKVEGLEGSMASVESTLASILAQLRNLTKTRGPEITGEKTTPPPGGGGLQEPSFPRMDLPIFDGTDPIAWLAQSEQYFLVHRTPLSDRVQLALIAMSGRAIFWAQWVLRRSASIEWSQFSQELIERFGDSSAINAYEAMHITRQTGSLEEYLALFEERIAQLPELPPAQYLGMFLGGLHSSVRDRITESDSVNVFTAIRAARRISRSSRGSSQPPQSSFPSTAPLRSTASFRGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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