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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003925

染色体: Chr01 坐标: 57506756-57510523 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003925
名称SmilChr01G003925
描述eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57506756 - 57510523 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998031
GeneID130998031
locus_tag-
NCBI NameLOC130998031
原始查询SmilChr01G003925

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H-like
产物eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H-like
ArabidopsisAT1G10840 (TIF3H1)
translation initiation factor 3 subunit H1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837627]
identity=82.3; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0376500 (eIF-3h)
-
identity=81; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0005852 (eukaryotic translation initiation factor 3 complex); GO:0008237 (metallopeptidase activity); GO:0016282 (eukaryotic 43S preinitiation complex); GO:0042788 (GO:0042788)
KEGG-
PfamPF01398 (JAB); PF19445 (eIF3h_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779452.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779452.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057779452.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779452.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779452.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779452.1
337 aa
N
1
168
337
JAB
eIF3h_C
C
PF01398 JAB 23-127 aa PF19445 eIF3h_C 143-336 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779452.1 Pfam PF01398 JAB Domain 23 127 2e-17 63.8 JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
XP_057779452.1 Pfam PF19445 eIF3h_C Family 143 336 1.3e-57 195.5 C-terminal region of eIF3h

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923469.1
ACTATTTATATGGGCCTACCCTATCAGCCCATTATCTAAAGCCTATATAATAAACCTCTGAAGCCCAATTTGGCCAATTTTGCAAATTAGGGTTTTCGTTGATTTGTGTTCCATCCACTGAACTACTCAGGATCTTCGAATAATCTCTCACAGCTCTCTCGCTCAATCGTTCATGGCGAACACTGCGACAAGATCTTTTCTGCAAGTGGCGGCTACGGAGGAGGCCACACCGCCGCTCAGAGTCGTCCAGATCGAAGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998031
ATGGCGAACACTGCGACAAGATCTTTTCTGCAAGTGGCGGCTACGGAGGAGGCCACACCGCCGCTCAGAGTCGTCCAGATCGAAGGACTGGTTATTTTGAAGATAATCAAGCATTGCAAGGAGTTCTCACCAGCTCTGGTTACTGGGCAGCTTCTTGGTTTGGATGTTGGTAGTGTTCTCGAAGTCACCAATTGCTTCCCATTTCCGATTCGTGAGGAAGATGAAGAGATTGAAGCCGAAGGTGCTAATTATCAGCTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779452.1
MANTATRSFLQVAATEEATPPLRVVQIEGLVILKIIKHCKEFSPALVTGQLLGLDVGSVLEVTNCFPFPIREEDEEIEAEGANYQLEMMRCLREVNVDNNTVGWYQSTLFGSFQTVELIETFMNYQENIRRCVCIIYDPSRSNQGVLALKALKLSDTFMELYRTNNFKGEKLREKNLSFVDIFEEIPIKVSNSALISAFMTELEADTPVTQCDYDRLQLSTSPILERNVEFLIECMDDLSMEQQKFQFYYRNLSRQEAQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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