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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003947

染色体: Chr01 坐标: 57826198-57829765 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003947
名称SmilChr01G003947
描述uncharacterized SmilChr01G003947
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向57826198 - 57829765 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998172
GeneID130998172
locus_tag-
NCBI NameLOC130998172
原始查询SmilChr01G003947

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0271500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0271500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0271500
-
identity=34.4; qcov=0.634; evalue=1.18e-22; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF13952 (DUF4216)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998172

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779589.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779589.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779589.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779589.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779589.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779589.1
257 aa
N
1
128
257
DUF4216
C
PF13952 DUF4216 100-173 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779589.1 Pfam PF13952 DUF4216 Domain 100 173 3.3e-18 66.7 Domain of unknown function (DUF4216)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923606.1
GAGGAAAAACGATATGCAAATCCTTACATGACTGATGCAGAGTTTGAGGTCGCGTTTCACAACGAGTTTATTGTGTGGTTTAGCCATTACGTTTGTCGTCCTTGTAACGACGAGTTGAACCCTTATATTAGGTCGCTTGCAGCTGGACCATTAAGGGAGATTGAAACATACTCCGGCTATTTCGTGAATGGCTATAGATTTCACACAACTGATCATGATAGAGAGAGTGCGACTGTGAACAGTGGCGTTTGCATAAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998172
ATGACTGATGCAGAGTTTGAGGTCGCGTTTCACAACGAGTTTATTGTGTGGTTTAGCCATTACGTTTGTCGTCCTTGTAACGACGAGTTGAACCCTTATATTAGGTCGCTTGCAGCTGGACCATTAAGGGAGATTGAAACATACTCCGGCTATTTCGTGAATGGCTATAGATTTCACACAACTGATCATGATAGAGAGAGTGCGACTGTGAACAGTGGCGTTTGCATAAAAGGCTCGGTCTATGGTAGTGATAGAGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779589.1
MTDAEFEVAFHNEFIVWFSHYVCRPCNDELNPYIRSLAAGPLREIETYSGYFVNGYRFHTTDHDRESATVNSGVCIKGSVYGSDRDVLDFYGRLQEVCVLEYPGYPIKQTVLFNCEWFDLSAQGTSIDTDFKLVSLNHTRRYKKYDPFVLASQVVQVFYCPYPSTNQSKKNWWSACKVNARSKVEVSTAASTSTLDQPFQEEVVTIMPTHTSVGIEQPLLLHPLGGVVEIEDDDESDDDDPPLTSNDSDDDSSANYE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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