Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003957`

染色体: Chr01 坐标: 57945095-57946661 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003957`
名称	SmilChr01G003957
描述	uncharacterized protein At4g06744-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	57945095 - 57946661 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998289`
GeneID	`130998289`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998289`
原始查询	`SmilChr01G003957`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826147]; symbol=AT4G06744; hit=AT4G06744; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826147]; symbol=AT4G06744; hit=AT4G06744; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G06744` (AT4G06744) Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826147] identity=56.6; qcov=0.862; evalue=1.19e-142; confidence=high
Rice	`Os04g0505200` - identity=51.2; qcov=0.894; evalue=1.94e-112; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998289

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057779706.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057779706.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779706.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779706.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779706.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:57945296`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:57945455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B82
`Chr1:57945635`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr1:57945935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr1:57946076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr1:57946106`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B99,C11,D11
`Chr1:57946111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B47,B99,C11,C78,D11
`Chr1:57946123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C11
`Chr1:57946129`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B47,B99,C11,C78,D11
`Chr1:57946129`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B47,B99,C11,C78,D11
`Chr1:57946133`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B47,B99,C11,C78,D11
`Chr1:57946220`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779706.1

406 aa

203

406

LRR_1

PF00560 LRR_1 158-176 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779706.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	158	176	1.5e-16	57.7	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923723.1
TATAATTCTAAATTGAAAAATTGTTGAATTCAAAATTTCAAGCAGTTAATATTGTATATGGGATTGCATTTTATTCATACTTAATTATGAAAATTCCCAAGTTGTACCGACCAAGCCACTCCAGAAACAGGGGATACCTATTGCAGTGCGCTCCACATTCTCAGGCTTCCTTCACACTAGTTTAAAACATATGCATTAATGCTTTGTTTCTTCATCTTCGCTCATTCTAATTAACAAGGCGATCAAAATGAGAGTAACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998289
ATGAGAGTAACTAGTTTTTTTATGACACTACAAACTCTCTTCTTCATCACCACCATCCTAGTATTTCCCACGCACCATCATCACGTTCTTGCCCAATTAATCCCCAAAAAACTCCCAATCACTGTGCCAGAAATCCCCCTTGTACACGATTTACTAGTATTCGCCGATCAAAGGCTTGCCATAGTATACCCAGTGATTCAAAGATTCAAAGCCAGCATCACCTCCGACCCCTTCAACGTCACCGCCACGTGGAGCGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779706.1
MRVTSFFMTLQTLFFITTILVFPTHHHHVLAQLIPKKLPITVPEIPLVHDLLVFADQRLAIVYPVIQRFKASITSDPFNVTATWSGGNICRYKGFFCESPPDNRSATAVASIDFNGFRLSSSTLAGFLDQLPDLALFHANSNYFSGPIPPAVAGLPYLYELDLSNNRFSGPFPPAILAMDGLSFLDIRFNSFSGAVPPELFAKDELDLLFLNNNDFTTPFPDNADAAAHVAYLSLANNKFFGPIPRSIATSLAGLSEILL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器