Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003958`

染色体: Chr01 坐标: 57954995-57958129 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003958`
名称	SmilChr01G003958
描述	probable inactive receptor kinase At5g67200
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	57954995 - 57958129 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998283`
GeneID	`130998283`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998283`
原始查询	`SmilChr01G003958`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable inactive receptor kinase At5g67200
产物	probable inactive receptor kinase At5g67200
Arabidopsis	`AT5G43020` (AT5G43020) Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834317] identity=55.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0649700` - identity=48.3; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998283

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057779701.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779701.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779701.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779701.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779701.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:57955197`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr1:57955238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,B73,C62
`Chr1:57955323`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr1:57955355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr1:57955390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr1:57955427`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr1:57955671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,C1,C87
`Chr1:57955808`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr1:57955959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr1:57956009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,B3
`Chr1:57956416`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C51,C64,C83,C85
`Chr1:57956418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C51,C64,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779701.1

657 aa

328

657

LRR_1

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00560 LRR_1 101-117 aa PF00560 LRR_1 123-145 aa PF00560 LRR_1 147-169 aa PF00069 Pkinase 385-635 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 385-635 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779701.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	101	117	8.2e-13	46.5	Leucine Rich Repeat
`XP_057779701.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	123	145	8.2e-13	46.5	Leucine Rich Repeat
`XP_057779701.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	147	169	8.2e-13	46.5	Leucine Rich Repeat
`XP_057779701.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	385	635	5.7e-30	105.3	Protein kinase domain
`XP_057779701.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	385	635	2.6e-31	109.6	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923718.1
AGTCCACGTATTAAATGATCGACGACGGTACGGCCATATTATTTGTTGGGAACGAAGAATGTGAGCTGTCAACATAACACTGTACAACGCCAAAATATAAGATTATACAAATCTACTTGAAACACAACCCCATTCAAGCTTGGCTTGCTCCACTGCGTTGTTCAAGACGATGATGAGGCCGCAACCGCTTCTTCTCATCTTACTCCTCCACCATTTCCTCATTCTCGCATTCTCTTCTTCTCCCCACACAAATGCTTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998283
ATGATGAGGCCGCAACCGCTTCTTCTCATCTTACTCCTCCACCATTTCCTCATTCTCGCATTCTCTTCTTCTCCCCACACAAATGCTTTGCCTCTGCTTCCTACCGATGCTTCCGCAATACTCCATTTCAAGTCCAAAGCCGATTTGCGGAATAAATTGGATTTTTCCCCCAAAACGGGCTTCGCATTCTGCAAGTGGCAAGGACTTGCGTGTTCCCATTCCAGAGCGATTCGACTCATCGTCGAGAACGCCAATCTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779701.1
MMRPQPLLLILLLHHFLILAFSSSPHTNALPLLPTDASAILHFKSKADLRNKLDFSPKTGFAFCKWQGLACSHSRAIRLIVENANLGGVFAPNSLTQLAELRVLSLQNNSLTGPIPDLSGLVNLKALFLSRNYFSGAIPPSISTLHRLKTVDLSYNMLAGSIPLSLNGLDRLYYLRLDFNRFNGSVPPLNQSSLQIFNVSHNDLTGAIPVTPALSRFNTSSFSLNSGLCGEIIHKECRSDRPFFGQPATTAPTPRAHAAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器