当前解析结果
SmilChr01G004020| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004020 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004020 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G004020 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 58591649 - 58593580 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998775 |
|---|---|
| GeneID | 130998775 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998775 |
| 原始查询 | SmilChr01G004020 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0587600- identity=46.8; qcov=0.16; evalue=2.1e-06; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998775 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057780168.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057780168.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780168.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780168.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057780168.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:58591765 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr1:58591861 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,B23 |
Chr1:58591868 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B106,C60,C64,D6 |
Chr1:58591912 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C26,C3 |
Chr1:58591943 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,B72 |
Chr1:58591948 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr1:58591990 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,C76 |
Chr1:58591992 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B111,B57,C2 |
Chr1:58591999 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B11,B39,B85,C63 |
Chr1:58592030 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 20 | A10,A14,A20,B102,B11,B134,B20,B23,B25,B3,B72,B85,C19,C26,C3,C51,C52,C63,C69,C78 |
Chr1:58592032 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B57 |
Chr1:58592034 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A22,B11,B57,B85 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。