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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004020

染色体: Chr01 坐标: 58591649-58593580 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004020
名称SmilChr01G004020
描述uncharacterized SmilChr01G004020
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58591649 - 58593580 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998775
GeneID130998775
locus_tag-
NCBI NameLOC130998775
原始查询SmilChr01G004020

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0587600
-
identity=46.8; qcov=0.16; evalue=2.1e-06; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780168.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057780168.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780168.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780168.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780168.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58591765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr1:58591861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B23
Chr1:58591868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,C60,C64,D6
Chr1:58591912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C3
Chr1:58591943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,B72
Chr1:58591948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr1:58591990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C76
Chr1:58591992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B111,B57,C2
Chr1:58591999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B39,B85,C63
Chr1:58592030 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 20 A10,A14,A20,B102,B11,B134,B20,B23,B25,B3,B72,B85,C19,C26,C3,C51,C52,C63,C69,C78
Chr1:58592032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr1:58592034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B11,B57,B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924185.1
CTTCTAGATATATCTTATGTGTGTTGACCAAGAAACTTAGAGGGAGAATAATACTTGACATCTTCAAGCCGCCGGAGTTGACTGTCCTCCGTTCACACCGGACGTTCACACCGGACGTGTGTGAACGTTCACACCGGACGTTCACACTTGGTTTAACACCTATAAATATGGGTGTATTGTGAACTTCATTTGATTCTCTAATCTATTCTCTCGCTTCTCTCAAGTTTATAACATCTCGCTTCTCTCTAGTTTATAACACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998775
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCGTCGCCCTTGACATCTCGGGCAAGAATTACATGTCATGGACTCTTGATGCTGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGGATGAACCTCAAAGACAGGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780168.1
MANIAKLEFVALDISGKNYMSWTLDADIHLISRGLGETIKEGNKASDQDRAKALIFLRHHLHDDLKTEYLTVKDPQELWMNLKDRFDHQKTVVLPKARYEWMHLRLQDFKSQQYRERGFKKYSELIACLLVAEQNNELLLKNHALRPTGSAALPEANATFNHDNGRGRGNQRGRGRGRGYARGRGRGKPHDATFSNKKHKASNEHNSYKKEGECQRCGMTGHWARTCRTAKHLADLYQDSIKGKGKKESNNVDFDGPIDT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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