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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004028

染色体: Chr01 坐标: 58698641-58701201 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004028
名称SmilChr01G004028
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g08820
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58698641 - 58701201 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998845
GeneID130998845
locus_tag-
NCBI NameLOC130998845
原始查询SmilChr01G004028

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g08820
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g08820
ArabidopsisAT3G08820 (AT3G08820)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820029]
identity=55; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0109300
-
identity=52.9; qcov=0.878; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998845

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057780235.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057780235.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780235.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780235.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780235.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58698851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B95
Chr1:58698925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr1:58698941 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A11
Chr1:58698941 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 A11
Chr1:58699138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B16
Chr1:58699160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,C25,D10
Chr1:58699245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B68
Chr1:58699296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C54
Chr1:58699393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr1:58699396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B82
Chr1:58699478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,D10
Chr1:58699559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780235.1
674 aa
N
1
337
674
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 66-94 aa PF01535 PPR 139-164 aa PF13041 PPR_2 162-202 aa PF01535 PPR 165-194 aa PF01535 PPR 238-265 aa PF01535 PPR 266-295 aa PF01535 PPR 339-365 aa PF01535 PPR 367-396 aa PF01535 PPR 441-465 aa PF20431 E_motif 484-546 aa PF20430 Eplus_motif 551-578 aa PF14432 DYW_deaminase 582-674 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 66 94 1.6e-49 163.5 PPR repeat
XP_057780235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 139 164 1.6e-49 163.5 PPR repeat
XP_057780235.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 162 202 4.3e-46 155.5 PPR repeat family
XP_057780235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 165 194 1.6e-49 163.5 PPR repeat
XP_057780235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 238 265 1.6e-49 163.5 PPR repeat
XP_057780235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 266 295 1.6e-49 163.5 PPR repeat
XP_057780235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 339 365 1.6e-49 163.5 PPR repeat
XP_057780235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 367 396 1.6e-49 163.5 PPR repeat
XP_057780235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 441 465 1.6e-49 163.5 PPR repeat
XP_057780235.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 484 546 5.8e-21 75.2 E motif
XP_057780235.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 551 578 3.3e-06 27.5 E+ motif
XP_057780235.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 582 674 2.7e-41 140.0 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924252.1
GATAGAAATCACTCCCCGCCGTCTTCAACAGTCAAAGTGCATCATAAAGATGCCATTTGAAACTTTAACAGTCTCTAAATGGAGATCAACGCGGCTCTGTTTCAAAGCTTGAAATCTTTGATCCAGCTCAAGAATGTGCACGCCCGCCTCTTCCGATTCCACCTTCATCGAGACCAATTTATTCTCAACATGGTTCTAAAATCAGCCTTTCACTTCAACCGCCCTGACTACGCCACAGCGTTATTCAACGAGACGCAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998845
ATGGAGATCAACGCGGCTCTGTTTCAAAGCTTGAAATCTTTGATCCAGCTCAAGAATGTGCACGCCCGCCTCTTCCGATTCCACCTTCATCGAGACCAATTTATTCTCAACATGGTTCTAAAATCAGCCTTTCACTTCAACCGCCCTGACTACGCCACAGCGTTATTCAACGAGACGCAGCCCAATTTCCATTTATACCACACCATGATTCGTGGGTTTGTTTCAAAAGATCATTTTGACGACGCCATTAATTTCTTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780235.1
MEINAALFQSLKSLIQLKNVHARLFRFHLHRDQFILNMVLKSAFHFNRPDYATALFNETQPNFHLYHTMIRGFVSKDHFDDAINFFHVMRREGFLANNFIFTFVLKSCLKNMDTKLGMSVHSLIVKEGFEYDSYVNTGLVGLYSKLERLSDARKLFDEMPEKNVVSWAAVMSGYVSVGRFKEAVDLFRDSLEAGLKPDSYTLVRALSACSQLGDLVVGEWMHKYVVDVGMARNVFVNTALVDMYAKCGDMEKARTIFDGM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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