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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004029

染色体: Chr01 坐标: 58701536-58703925 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004029
名称SmilChr01G004029
描述histidine-containing phosphotransfer protein 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58701536 - 58703925 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998851
GeneID130998851
locus_tag-
NCBI NameLOC130998851
原始查询SmilChr01G004029

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histidine-containing phosphotransfer protein 1-like
产物histidine-containing phosphotransfer protein 1-like
ArabidopsisAT3G21510 (AHP1)
histidine-containing phosphotransmitter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821705]
identity=65.6; qcov=0.993; evalue=5.65e-65; confidence=high
RiceOs05g0521300 (OsPHP3)
-
identity=49.7; qcov=0.967; evalue=4.36e-48; confidence=medium
GOGO:0000160 (phosphorelay signal transduction system); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009736 (cytokinin-activated signaling pathway); GO:0009927 (histidine phosphotransfer kinase activity); GO:0016310 (phosphorylation); GO:0043424 (protein histidine kinase binding)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01627 (Hpt)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998851

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057780244.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057780244.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780244.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057780244.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780244.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58702185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C26
Chr1:58703136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B56,B96,D4,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780244.1
152 aa
N
1
76
152
Hpt
C
PF01627 Hpt 45-124 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780244.1 Pfam PF01627 Hpt Domain 45 124 7.8e-17 62.0 Hpt domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924261.1
AGCCAGACAAATAAAAGTACAATTAAAACGATTTGCGTTTTTCCCAAAATAAAAGCTTACGTCACATCATTGGACTGCAACAAGACGAAAGAATTATCATTGAATAATTTCCACTTTAGACGAAAAACTTATCATTAATAATTTTCACGTAAGACGAAAAAACTAATCATTAATTAATTTCCACTTATGAATACTTAATTACCACTAATTACCTGTCTATTGCTTTGGCAAGTCAATTTCTCCCACGTTTAAATCACACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998851
ATGGAGATTGTGGGGCAGCTGCGGAAACAGTATGTTGACTTCTCTACTTCTCTTTATCGCGAGGGTTTCTTGGATGAACAGTATCTACAGCTGCAGAAATTGCAAGATGAGAGCAACCCTGATTTTGTGTGTGAAGTTGTCTCACTCTTCTTTGAGGATTCTGAGAAGCTTCTGAATAATTTAGCAACTGCTCTTCAGCAGCAGGTTGTAGATTTCAAGCAGGTTGATGCCCATGTTCATCAGTTCAAAGGCAGCAGTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780244.1
MEIVGQLRKQYVDFSTSLYREGFLDEQYLQLQKLQDESNPDFVCEVVSLFFEDSEKLLNNLATALQQQVVDFKQVDAHVHQFKGSSSSIGAQRVKNMCVAFRNFCEEKNLDGCLRCLQQVKHEYFLVKNKLEALFRLERQIVEAGGTVPAIA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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