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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004033

染色体: Chr01 坐标: 58763085-58767136 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004033
名称SmilChr01G004033
描述uncharacterized SmilChr01G004033
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58763085 - 58767136 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998926
GeneID130998926
locus_tag-
NCBI NameLOC130998926
原始查询SmilChr01G004033

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998926

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780354.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057780354.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057780354.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780354.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780354.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58763237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:58763240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B140,B16,B53,B94
Chr1:58764148 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 5 A24,B113,B126,B33,B76
Chr1:58764148 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 5 A24,B113,B126,B33,B76
Chr1:58764884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B53,B94
Chr1:58764929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr1:58766433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C31
Chr1:58766583 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 52 A20,A21,A23,A25,A4,A6,A7,B1,B106,B109,B112,B115,B120,B133,B139,B17,B20,B31,B38,B53,B56,B70,B78,B80,B85,B94,B97,B99,C10,C17,C27,C3,C35,C4,C45,C47,C48,C50,C52,C55,C58,C62,C63,C70,C73,C79,C8,C82,C86,D2,D5,D8
Chr1:58766586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C45
Chr1:58766591 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 4 C17,C35,C73,C82
Chr1:58766591 CAA C 2bp_deletion CDS_variant 4 C17,C35,C73,C82
Chr1:58766594 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 4 C17,C35,C73,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093346.1
GGGCTATCATACTATTTTCGCTCGCTAAACGCTATACAATTTCTCTCCGATCCATCCCAATTAAGCTATCAATGGAGGAAATGGGTACAGGTGTAAAGAGCAGTTATATTGATTCCACTGAAACTGTGCAGCCAGTCGTCCTCGTGAACGAACCTGGTTATGTCGCTGCTGTTGGGGGCATTCCAAATCACCTTAAAATTGAGGGTGGGATGTCATATGGGATTCGTTTTCCCATTTCGATGTATCCCAAAAATCTGCCT...
XR_009093347.1
GGGCTATCATACTATTTTCGCTCGCTAAACGCTATACAATTTCTCTCCGATCCATCCCAATTAAGCTATCAATGGAGGAAATGGGTACAGGTGTAAAGAGCAGTTATATTGATTCCACTGAAACTGTGCAGCCAGTCGTCCTCGTGAACGAACCTGGTTATGTCGCTGCTGTTGGGGGCATTCCAAATCACCTTAAAATTGAGGGTGGGATGTCATATGGGATTCGTTTTCCCATTTCGATGTATCCCAAAAATCTGCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998926
ATGGAGGAAATGGGTACAGGTGTAAAGAGCAGTTATATTGATTCCACTGAAACTGTGCAGCCAGTCGTCCTCGTGAACGAACCTGGTTATGTCGCTGCTGTTGGGGGCATTCCAAATCACCTTAAAATTGAGGGTGGGATGTCATATGGGATTCGTTTTCCCATTTCGATGTATCCCAAAAATCTGCCTGAAGATCCTACTGAACGGCGAAGGGTTTTCTTTGAAATTTTCGAGAAACGCCATGCACAAAAGATGCCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780354.1
MEEMGTGVKSSYIDSTETVQPVVLVNEPGYVAAVGGIPNHLKIEGGMSYGIRFPISMYPKNLPEDPTERRRVFFEIFEKRHAQKMPQRACLLCEQLLPEEYFIVRINSSGPHPSEFYDSRAPKSIPSQSMEEKGKGVKQSIPSQSMEEKGKGVKRSYIDSTETVQPVVLVNEPGYVAAVGGIPDHLKIEGGMSYGIRFPISMYPKNLPEDPTERRRVFFETFEKRHAQKMPRRACSLCKQTLLEEYFIVNINSSGPYPSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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