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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004040

染色体: Chr01 坐标: 58820227-58822393 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004040
名称SmilChr01G004040
描述extensin-2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58820227 - 58822393 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998963
GeneID130998963
locus_tag-
NCBI NameLOC130998963
原始查询SmilChr01G004040

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述extensin-2-like
产物extensin-2-like
ArabidopsisAT1G21310 (EXT3)
extensin 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838728]
identity=37.7; qcov=0.839; evalue=6.57e-14; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0005199 (structural constituent of cell wall); GO:0009664 (plant-type cell wall organization)
KEGG-
PfamPF04554 (Extensin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998963

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.80000 XP_057780393.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057780393.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780393.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780393.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780393.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58820375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B26,C76
Chr1:58820415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B19,B26,C76
Chr1:58820469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B53,B73
Chr1:58820483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:58820495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C87
Chr1:58820559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,C61,C68,C78
Chr1:58820566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr1:58820586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,B82
Chr1:58820622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B114,B49,B82,C57
Chr1:58820716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr1:58820817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,C42,C60,C72
Chr1:58820823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780393.1
626 aa
N
1
313
626
Extensin_2
Extensin_2
Extensin_2
Extensin_2
Extensin_2
Extensin_2
C
PF04554 Extensin_2 32-89 aa PF04554 Extensin_2 81-143 aa PF04554 Extensin_2 195-257 aa PF04554 Extensin_2 385-447 aa PF04554 Extensin_2 423-485 aa PF04554 Extensin_2 575-624 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780393.1 Pfam PF04554 Extensin_2 Disordered 32 89 8.7e-55 183.4 Extensin-like region
XP_057780393.1 Pfam PF04554 Extensin_2 Disordered 81 143 8.7e-55 183.4 Extensin-like region
XP_057780393.1 Pfam PF04554 Extensin_2 Disordered 195 257 8.7e-55 183.4 Extensin-like region
XP_057780393.1 Pfam PF04554 Extensin_2 Disordered 385 447 8.7e-55 183.4 Extensin-like region
XP_057780393.1 Pfam PF04554 Extensin_2 Disordered 423 485 8.7e-55 183.4 Extensin-like region
XP_057780393.1 Pfam PF04554 Extensin_2 Disordered 575 624 8.7e-55 183.4 Extensin-like region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924410.1
AAAGTTCAATCATCAAATACAGAGTAAAGCCTCAAAATGAAAGAATTTGGGAAAACAGGGCAAATGCCCTTATCAGTTTGCCTACTAGTAGTAAGCATCATGATCTCTCAAGTGTCCGCTTTCGATGCTTATGTTTACTCATCTCCCCCTCCGCCCATAGAAATTACACATCCTGATTATAAATCATCGCCACCTCCAAAACATGAAGAGTATATCTACAAATCTCCACCTCCGCCTTCAAAGAAGTACTCTTACAGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998963
ATGAAAGAATTTGGGAAAACAGGGCAAATGCCCTTATCAGTTTGCCTACTAGTAGTAAGCATCATGATCTCTCAAGTGTCCGCTTTCGATGCTTATGTTTACTCATCTCCCCCTCCGCCCATAGAAATTACACATCCTGATTATAAATCATCGCCACCTCCAAAACATGAAGAGTATATCTACAAATCTCCACCTCCGCCTTCAAAGAAGTACTCTTACAGCTCTCCTCCACCGCCACCATATCAGTACAAATCACCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780393.1
MKEFGKTGQMPLSVCLLVVSIMISQVSAFDAYVYSSPPPPIEITHPDYKSSPPPKHEEYIYKSPPPPSKKYSYSSPPPPPYQYKSPPPPKHIEHPEYTYKSPPPPPKKYSYSSPPPPPYQYKSPPPPKHIEHPEYIYKSPPPPPKKYSYSSPPPPPYQYKSPPPPKHVENPEYTYKSPPPPPKKYSYSSPPPPPYQYKSPPPPKHIEHPEYTYKSPPPPPKKYSYSSPPPPSYQYKSPPPPKHVENPEYTYKSPPPPPKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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