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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004052

染色体: Chr01 坐标: 58972292-58972649 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004052
名称SmilChr01G004052
描述glycine-rich RNA-binding protein GRP1A-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58972292 - 58972649 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010776
GeneID131010776
locus_tag-
NCBI NameLOC131010776
原始查询SmilChr01G004052

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich RNA-binding protein GRP1A-like
产物glycine-rich RNA-binding protein GRP1A-like
ArabidopsisAT4G33145 (AT4G33145)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240963]
identity=57.9; qcov=0.458; evalue=1.39e-07; confidence=low
RiceOs06g0706700
-
identity=75.9; qcov=0.349; evalue=1.03e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF28138 (EA1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010776

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057794424.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057794424.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057794424.1
4 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.20000 XP_057794424.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794424.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58972430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B6,B64,C36
Chr1:58972448 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr1:58972448 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B104
Chr1:58972452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:58972513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B113,B33,B76
Chr1:58972597 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,C53,C61,C78
Chr1:58972599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794424.1
83 aa
N
1
42
83
EA1
C
PF28138 EA1 45-81 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794424.1 Pfam PF28138 EA1 Domain 45 81 3.8e-11 44.0 Egg apparatus-1 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938441.1
ATGGGTGGAAAAGGAGGTGGCGGTGGTGGAAAAGGAGGAGGCAGCGGTGGCGGAGGAGCAAAAGGCGGTGGAGGTGCAGGTGCAGGTGCTAAAGGTGGTGGGTTGGCTGCTAAAGGAGGCGGCGGCGGCGGTTCTTCGGGGACAATGAAGGCGCCGGGAGGAGGCGGAGAATCCATTTCAAGGGCTGGATTTGAGAGCAACCCTCAAGCCTACTTTTCTGGGCTGCATGCTGCTGATAAAGCATCTAAATAATTATATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010776
ATGGGTGGAAAAGGAGGTGGCGGTGGTGGAAAAGGAGGAGGCAGCGGTGGCGGAGGAGCAAAAGGCGGTGGAGGTGCAGGTGCAGGTGCTAAAGGTGGTGGGTTGGCTGCTAAAGGAGGCGGCGGCGGCGGTTCTTCGGGGACAATGAAGGCGCCGGGAGGAGGCGGAGAATCCATTTCAAGGGCTGGATTTGAGAGCAACCCTCAAGCCTACTTTTCTGGGCTGCATGCTGCTGATAAAGCATCTAAATAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794424.1
MGGKGGGGGGKGGGSGGGGAKGGGGAGAGAKGGGLAAKGGGGGGSSGTMKAPGGGGESISRAGFESNPQAYFSGLHAADKASK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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