当前解析结果
SmilChr01G004052| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004052 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004052 |
| 描述 | glycine-rich RNA-binding protein GRP1A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 58972292 - 58972649 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010776 |
|---|---|
| GeneID | 131010776 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010776 |
| 原始查询 | SmilChr01G004052 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycine-rich RNA-binding protein GRP1A-like |
| 产物 | glycine-rich RNA-binding protein GRP1A-like |
| Arabidopsis | AT4G33145 (AT4G33145)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240963] identity=57.9; qcov=0.458; evalue=1.39e-07; confidence=low |
| Rice | Os06g0706700- identity=75.9; qcov=0.349; evalue=1.03e-09; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28138 (EA1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010776 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057794424.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057794424.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057794424.1 |
| 4 | Mitochondrion intermembrane space | Mitochondrion intermembrane space | 0.20000 | XP_057794424.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794424.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:58972430 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B6,B64,C36 |
Chr1:58972448 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B104 |
Chr1:58972448 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:58972452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:58972513 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A24,B113,B33,B76 |
Chr1:58972597 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B124,C53,C61,C78 |
Chr1:58972599 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794424.1PF28138
EA1 45-81 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794424.1 |
Pfam | PF28138 |
EA1 | Domain | 45 | 81 | 3.8e-11 | 44.0 | Egg apparatus-1 protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。