Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004055

染色体: Chr01 坐标: 58984815-58992201 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004055
名称SmilChr01G004055
描述uncharacterized SmilChr01G004055
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58984815 - 58992201 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999093
GeneID130999093
locus_tag-
NCBI NameLOC130999093
原始查询SmilChr01G004055

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述integrator complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819942]; symbol=AT3G07530; hit=AT3G07530; species=arabidopsis; confidence=high
产物integrator complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819942]; symbol=AT3G07530; hit=AT3G07530; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G07530 (AT3G07530)
integrator complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819942]
identity=50.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0243200
-
identity=42.1; qcov=0.295; evalue=5.42e-39; confidence=weak
GOGO:0016180 (snRNA processing); GO:0032039 (integrator complex)
KEGG-
PfamPF10996 (Beta-Casp); PF16661 (Lactamase_B_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999093

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780563.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057780563.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057780582.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057780582.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780563.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58985468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr1:58985572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr1:58986497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr1:58987174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:58987232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B72,C2,C32,C68
Chr1:58987360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr1:58988083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C79
Chr1:58988117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B53,B6,B64,C36
Chr1:58988373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:58988539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:58989260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,A5
Chr1:58989764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B72,C2,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780563.1
692 aa
N
1
346
692
Lactamase_B_6
Beta-Casp
C
PF16661 Lactamase_B_6 97-254 aa PF10996 Beta-Casp 361-477 aa
XP_057780572.1
692 aa
N
1
346
692
Lactamase_B_6
Beta-Casp
C
PF16661 Lactamase_B_6 97-254 aa PF10996 Beta-Casp 361-477 aa
XP_057780582.1
691 aa
N
1
346
691
Lactamase_B_6
Beta-Casp
C
PF16661 Lactamase_B_6 97-254 aa PF10996 Beta-Casp 360-476 aa
XP_057780588.1
691 aa
N
1
346
691
Lactamase_B_6
Beta-Casp
C
PF16661 Lactamase_B_6 97-254 aa PF10996 Beta-Casp 360-476 aa
XP_057780593.1
604 aa
N
1
302
604
Lactamase_B_6
Beta-Casp
C
PF16661 Lactamase_B_6 97-254 aa PF10996 Beta-Casp 361-477 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780563.1 Pfam PF16661 Lactamase_B_6 Domain 97 254 3.3e-08 33.8 Metallo-beta-lactamase superfamily domain
XP_057780563.1 Pfam PF10996 Beta-Casp Domain 361 477 2.8e-07 31.8 Beta-Casp domain
XP_057780572.1 Pfam PF16661 Lactamase_B_6 Domain 97 254 3.3e-08 33.8 Metallo-beta-lactamase superfamily domain
XP_057780572.1 Pfam PF10996 Beta-Casp Domain 361 477 2.8e-07 31.8 Beta-Casp domain
XP_057780582.1 Pfam PF16661 Lactamase_B_6 Domain 97 254 3.4e-08 33.8 Metallo-beta-lactamase superfamily domain
XP_057780582.1 Pfam PF10996 Beta-Casp Domain 360 476 2.9e-07 31.8 Beta-Casp domain
XP_057780588.1 Pfam PF16661 Lactamase_B_6 Domain 97 254 3.4e-08 33.8 Metallo-beta-lactamase superfamily domain
XP_057780588.1 Pfam PF10996 Beta-Casp Domain 360 476 2.9e-07 31.8 Beta-Casp domain
XP_057780593.1 Pfam PF16661 Lactamase_B_6 Domain 97 254 2.4e-08 34.3 Metallo-beta-lactamase superfamily domain
XP_057780593.1 Pfam PF10996 Beta-Casp Domain 361 477 2e-07 32.3 Beta-Casp domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924605.1
TATAAATATGGAGTAATTTTTTTATCTGTCGCCTGTCTTTCTCTTCTCTGTCATTCTCGCTCTCGCCGACTTCCGTCCTCCAGTCGCCACCACCGTCCACGGCCTCCGATCTCTGCGGCTCTTTGCCTCCCCCACCGCCGCAGCCTGCGCTGTTTAACCGTTGCATGCCCGCCTCCTCCAGACCCCGCCTGCCAGCCGGCCGCCCCAGACCCCTGGCTCCAGTAGAGGTCGTTGATCCACCCAAAAGTTGGACGTTGGTG...
XM_057924599.1
TATAAATATGGAGTAATTTTTTTATCTGTCGCCTGTCTTTCTCTTCTCTGTCATTCTCGCTCTCGCCGACTTCCGTCCTCCAGTCGCCACCACCGTCCACGGCCTCCGATCTCTGCGGCTCTTTGCCTCCCCCACCGCCGCAGCCTGCGCTGTTTAACCGTTGCATGCCCGCCTCCTCCAGACCCCGCCTGCCAGCCGGCCGCCCCAGACCCCTGGCTCCAGTAGAGCCCTGTCATATATGCTTCCAATGTCAAGCGGAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130999093
ATGTGCACTTCAATTAGTCAGACATGCTTGAGCAAAGGCAGGGGTTATTATTTCCCTCCATGCCACATTTTGGATATTTCTGGTGTTTGGGTTTTATTTGATTGCCCTCTGGACCTTTCATCTCTAACAGTCTTTTCTCCTCTCCCTGTGAATTCTCATGATATAAACAATGATAAGTTCTCCTTTTCAAGCCAAAAGTTTGTGGGTGTGGAGTCCAATGAAGAGAAGAGGGGGAACAGTTTAATTTATGCTGAGCCGCG...
LOC130999093
ATGTGCACTTCAATTAGTCAGACATGCTTGAGCAAAGGCAGGGGTTATTATTTCCCTCCATGCCACATTTTGGATATTTCTGGTGTTTGGGTTTTATTTGATTGCCCTCTGGACCTTTCATCTCTAACAGTCTTTTCTCCTCTCCCTGTGAATTCTCATGATATAAACAATGATAAGTTCTCCTTTTCAAGCCAAAAGTTTGTGGGTGTGGAGTCCAATGAAGAGAAGAGGGGGAACAGTTTAATTTATGCTGAGCCGCG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057780563.1
MCTSISQTCLSKGRGYYFPPCHILDISGVWVLFDCPLDLSSLTVFSPLPVNSHDINNDKFSFSSQKFVGVESNEEKRGNSLIYAEPRYRTVKNLLSWNISFIDVVLISSPMGMLGLPFLTRNTGFSAKVYATEAATRIGQLLMEDLVNMHKEFRQCYGPESDAPRWMKWDKLEMLPLELKKTIFGADGTDFGCWMPLYSAADVKSCMLKVESLKYAEEICYNGTLIVKALASGLEIGSCNWRITGPRGSIVYISSSVFRS...
XP_057780572.1
MCTSISQTCLSKGRGYYFPPCHILDISGVWVLFDCPLDLSSLTVFSPLPVNSHDINNDKFSFSSQKFVGVESNEEKRGNSLIYAEPRYRTVKNLLSWNISFIDVVLISSPMGMLGLPFLTRNTGFSAKVYATEAATRIGQLLMEDLVNMHKEFRQCYGPESDAPRWMKWDKLEMLPLELKKTIFGADGTDFGCWMPLYSAADVKSCMLKVESLKYAEEICYNGTLIVKALASGLEIGSCNWRITGPRGSIVYISSSVFRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器