Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004063`

染色体: Chr01 坐标: 59048029-59050867 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004063`
名称	SmilChr01G004063
描述	antifungal protein ginkbilobin-like protein
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	59048029 - 59050867 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010821`
GeneID	`131010821`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010821`
原始查询	`SmilChr01G004063`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	antifungal protein ginkbilobin-like protein
产物	antifungal protein ginkbilobin-like protein
Arabidopsis	`AT5G37660` (PDLP7) plasmodesmata-located protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833744] identity=28.7; qcov=0.711; evalue=5.95e-06; confidence=low
Rice	`Os04g0537800` - identity=31.1; qcov=0.725; evalue=3.67e-08; confidence=low
GO	GO:0009506 (plasmodesma)
KEGG	-
Pfam	PF01657 (Stress-antifung)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010821

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057794468.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057794468.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794468.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794468.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794468.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:59048041`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C39
`Chr1:59048041`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C39
`Chr1:59050772`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	66	A11,A13,A19,A2,A22,A5,A6,A9,B1,B10,B102,B115,B122,B125,B129,B13,B130,B132,B133,B135,B136,B137,B2,B20,B22,B24,B28,B29,B30,B35,B38,B39,B4,B41,B48,B49,B51,B53,B66,B69,B74,B78,B82,B85,B90,B92,B94,C11,C13,C19,C25,C37,C45,C53,C54,C59,C69,C78,C80,C82,C83,D10,D11,D2,D3,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794468.1

142 aa

142

Stress-antifung

PF01657 Stress-antifung 46-140 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794468.1`	Pfam	`PF01657`	Stress-antifung	Family	46	140	2.3e-11	44.9	Salt stress response/antifungal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938485.1
ATGGATGGTGAGGTGCCTGTTGTCGCAACTGGATTAGAGTCATCGACCGTTGAAACTGCGTATTCTCGTTCGAGGGAACGAACACCGGCATCTCCGGAGAATGGCAGTCCAAACACATCCATTAATTACCTGGCATGCAATGTCAATGGGTATTTGCAAGGCGATGCCTACGCCGGCAACGTGGCGTATGTTCTTGCAGATATGATGAATGTGACTCCCAATGCAGGCTACGATTACTACACGCATTCGCCGTCGTCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010821
ATGGATGGTGAGGTGCCTGTTGTCGCAACTGGATTAGAGTCATCGACCGTTGAAACTGCGTATTCTCGTTCGAGGGAACGAACACCGGCATCTCCGGAGAATGGCAGTCCAAACACATCCATTAATTACCTGGCATGCAATGTCAATGGGTATTTGCAAGGCGATGCCTACGCCGGCAACGTGGCGTATGTTCTTGCAGATATGATGAATGTGACTCCCAATGCAGGCTACGATTACTACACGCATTCGCCGTCGTCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794468.1
MDGEVPVVATGLESSTVETAYSRSRERTPASPENGSPNTSINYLACNVNGYLQGDAYAGNVAYVLADMMNVTPNAGYDYYTHSPSSTAVCYGHATCSLALSYNDCADCLTAARSTVLAGCPSSIGASVEMVDCTIRYENYFF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器