当前解析结果
SmilChr01G004074| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004074 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004074 |
| 描述 | probable inactive patatin-like protein 9 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 59176511 - 59178022 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999228 |
|---|---|
| GeneID | 130999228 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999228 |
| 原始查询 | SmilChr01G004074 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable inactive patatin-like protein 9 |
| 产物 | probable inactive patatin-like protein 9 |
| Arabidopsis | AT3G63200 (PLP9)PATATIN-like protein 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825495] identity=72.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0784100 (OspPLAIIIgamma)- identity=39; qcov=1.09; evalue=4.55e-74; confidence=medium |
| GO | GO:0006629 (lipid metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01734 (Patatin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999228 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057780721.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057780721.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057780721.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057780721.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780721.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:59176998 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:59177088 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr1:59177098 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C59 |
Chr1:59177183 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr1:59177296 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr1:59177570 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B133,B29,B4 |
Chr1:59177755 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
Chr1:59177763 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C59 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780721.1PF01734
Patatin 30-231 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780721.1 |
Pfam | PF01734 |
Patatin | Domain | 30 | 231 | 1.8e-19 | 71.4 | Patatin-like phospholipase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。