Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004076`

染色体: Chr01 坐标: 59201299-59204327 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004076`
名称	SmilChr01G004076
描述	N-terminal acetyltransferase B complex catalytic subunit NAA20
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	59201299 - 59204327 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999253`
GeneID	`130999253`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999253`
原始查询	`SmilChr01G004076`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	N-terminal acetyltransferase B complex catalytic subunit NAA20
产物	N-terminal acetyltransferase B complex catalytic subunit NAA20
Arabidopsis	`AT1G03150` (AT1G03150) Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839562] identity=94.8; qcov=1; evalue=4.75e-126; confidence=high
Rice	`Os03g0699400` - identity=90.2; qcov=1; evalue=4.5e-120; confidence=high
GO	GO:0004596 (protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity); GO:0017196 (N-terminal peptidyl-methionine acetylation); GO:0031416 (NatB complex)
KEGG	-
Pfam	PF00583 (Acetyltransf_1); PF08445 (FR47); PF13508 (Acetyltransf_7); PF13673 (Acetyltransf_10)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999253

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780750.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780750.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057780750.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057780750.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780750.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:59201565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,C53
`Chr1:59203060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B15,B81,C12,C77,C83
`Chr1:59203750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780750.1

174 aa

174

Acetyltransf_1

Acetyltransf_10

Acetyltransf_7

FR47

PF00583 Acetyltransf_1 28-127 aa PF13673 Acetyltransf_10 41-130 aa PF13508 Acetyltransf_7 42-128 aa PF08445 FR47 70-131 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780750.1`	Pfam	`PF00583`	Acetyltransf_1	Family	28	127	3.3e-17	63.5	Acetyltransferase (GNAT) family
`XP_057780750.1`	Pfam	`PF13673`	Acetyltransf_10	Domain	41	130	5.5e-09	36.8	Acetyltransferase (GNAT) domain
`XP_057780750.1`	Pfam	`PF13508`	Acetyltransf_7	Domain	42	128	9.5e-11	42.7	Acetyltransferase (GNAT) domain
`XP_057780750.1`	Pfam	`PF08445`	FR47	Family	70	131	1.7e-06	28.6	FR47-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924767.1
CTTATGTAATTTTAAATTGTAAATTACTTAATTATTTCTTTTTGAAGGAACTATTTAATTATTTCTAAAAGTTGTAAAATGGAAACTTTGAATTTAGGCTATTTAAAAGATATTTGTGTCCCATTCTCAAAAAAAAAAAGATATTTATTTGTATCCCCGGTTGAGGTAAGCTGGGATTCGAGTCAGCTACATTTTCTATCCTTGGTGGTTATTTTTGCCCTTTTTATACATTTCCACTTCTGCCCTAGTTGATCGGTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999253
ATGACGACGATTCGAAGGTTTTGCTGCAACGATCTCCTCCGATTCGCATCGGTGAACCTCGACCATCTCACTGAAACATTCAACATGTCGTTCTATATGACCTATTTGGCGCGGTGGCCGGATTATTTCCACGTTGCCGACGCTCCTGGAAACCGAGTTATGGGCTATATTATGGGCAAGGTTGAGGGACAAGGAGAGTCATGGCATGGTCATGTCACTGCCGTAACTGTAGCTCCTGAATACCGGAGGCAACAATTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780750.1
MTTIRRFCCNDLLRFASVNLDHLTETFNMSFYMTYLARWPDYFHVADAPGNRVMGYIMGKVEGQGESWHGHVTAVTVAPEYRRQQLAKKLMNLLEDISDKIDKAYFVDLFVRASNTPAIKMYEKLDYVVYRRVLRYYSGEEDGLDMRKALSRDVEKKSIIPLKRPITPDELEYD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器