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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004084

染色体: Chr01 坐标: 59257511-59259753 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004084
名称SmilChr01G004084
描述FCS-Like Zinc finger 8-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59257511 - 59259753 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999304
GeneID130999304
locus_tag-
NCBI NameLOC130999304
原始查询SmilChr01G004084

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述FCS-Like Zinc finger 8-like
产物FCS-Like Zinc finger 8-like
ArabidopsisAT3G22550 (AT3G22550)
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit, putative (DUF581) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821826]
identity=39.4; qcov=1.03; evalue=1.01e-33; confidence=medium
RiceOs03g0665200 (OSJNBb0031A14.9)
-
identity=34.5; qcov=0.853; evalue=1.03e-30; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999304

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057780803.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780803.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780803.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780803.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780803.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59257898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B17
Chr1:59257913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C71
Chr1:59258352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr1:59258448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:59258559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B139,B53,D11
Chr1:59258572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B139,B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924820.1
CCAAAAATATGAGTTTGCAAGAATCCAAAAATTTAAGAGCAATAATCGTCAAAGTGGGAGAAATAATGATAATAGAGAGGGCCCCTTTCATTTTGCTGGCGTTTGCTTTCTTGTTTTTACTTTCTCATCAACTTAATAGCTAATGATCATTCTCTTCTTTTTCTCTTTTCCAATGAGGCTCCAAAACTAAGCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGAAAATTTGCTCGTTGGATCTTGTTGATCTCCAATGCAGAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999304
ATGTTGAGGAATAGATCGAAAGCAGTGACCAGCAAACAAGCTCTCATGGCTGATCAAATCCCATTGCTCTCTCTCACTAAAAACCCCTCCAACACCACACCAATTTCATCCTTGATTTCTCCAAGATTCTTCAATGGGCTACTGACAAAGAACCATCAAGATTCAGAGACAACCTTAATCAGCCCAAAATCCATTCTTGACACCAAGAACTCATCCCCTTCAGCTGCCAATAACCCTTTTGACTTTGTTAAAACTCCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780803.1
MLRNRSKAVTSKQALMADQIPLLSLTKNPSNTTPISSLISPRFFNGLLTKNHQDSETTLISPKSILDTKNSSPSAANNPFDFVKTPSKPHTICKQTETEAIGLALIDSLNQENKSENSSKPINRMALFGSNLKVQIPASGGASPPVEVRSPLDFGIKTRNSHLSGDTPAREFSRQLSLKEMELSEDYTRVITHGPNPKTTHIFDDCIVESCIGEHVFISHHNKMESSSVSRSSSHSFESLCPICKDSDEKACCSNECQFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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