当前解析结果
SmilChr01G004097| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004097 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004097 |
| 描述 | protein LIFEGUARD 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 59421229 - 59424877 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999418 |
|---|---|
| GeneID | 130999418 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999418 |
| 原始查询 | SmilChr01G004097 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LIFEGUARD 2-like |
| 产物 | protein LIFEGUARD 2-like |
| Arabidopsis | AT3G63310 (BIL4)Bax inhibitor-1 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825506] identity=74.6; qcov=1; evalue=4.83e-131; confidence=high |
| Rice | Os03g0745600- identity=68.8; qcov=0.975; evalue=1.42e-118; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01027 (Bax1-I) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999418 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057780923.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057780923.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057780923.1 |
| 4 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057780923.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780923.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:59421713 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:59421769 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr1:59423789 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B23,C3,C71,D2 |
Chr1:59423830 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780923.1PF01027
Bax1-I 27-238 aa
XP_057780928.1PF01027
Bax1-I 27-238 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780923.1 |
Pfam | PF01027 |
Bax1-I | Domain | 27 | 238 | 3.2e-50 | 171.6 | Inhibitor of apoptosis-promoting Bax1 |
XP_057780928.1 |
Pfam | PF01027 |
Bax1-I | Domain | 27 | 238 | 3.2e-50 | 171.6 | Inhibitor of apoptosis-promoting Bax1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。