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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004102

染色体: Chr01 坐标: 59491484-59500965 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004102
名称SmilChr01G004102
描述protein transport protein SEC24 A-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59491484 - 59500965 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999451
GeneID130999451
locus_tag-
NCBI NameLOC130999451
原始查询SmilChr01G004102

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein transport protein SEC24 A-like
产物protein transport protein SEC24 A-like
ArabidopsisAT3G07100 (ERMO2)
Sec23/Sec24 protein transport family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819896]
identity=64; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0129500
-
identity=62.3; qcov=0.901; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000149 (SNARE binding); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0030127 (COPII vesicle coat); GO:0070971 (endoplasmic reticulum exit site); GO:0090110 (COPII-coated vesicle cargo loading)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04810 (zf-Sec23_Sec24); PF04811 (Sec23_trunk); PF04815 (Sec23_helical); PF08033 (Sec23_BS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999451

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 1.00000 XP_057780964.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057780964.1
3 Vesicle 囊泡 0.60000 XP_057780964.1
4 Endosome 内体 0.40000 XP_057780964.1
5 Endocytic vesicle Endocytic vesicle 0.20000 XP_057780964.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59492891 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B3
Chr1:59492891 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B3
Chr1:59492948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C36
Chr1:59493018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:59494069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr1:59494453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B81,C12,C77
Chr1:59494518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B62,B70,B84,C41,C52
Chr1:59497079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr1:59497892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:59497947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:59498022 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C51
Chr1:59498022 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780964.1
1046 aa
N
1
523
1046
zf-Sec23_Sec24
Sec23_trunk
Sec23_BS
Sec23_helical
C
PF04810 zf-Sec23_Sec24 375-413 aa PF04811 Sec23_trunk 450-686 aa PF08033 Sec23_BS 692-776 aa PF04815 Sec23_helical 787-890 aa
XP_057780971.1
1046 aa
N
1
523
1046
zf-Sec23_Sec24
Sec23_trunk
Sec23_BS
Sec23_helical
C
PF04810 zf-Sec23_Sec24 375-413 aa PF04811 Sec23_trunk 450-686 aa PF08033 Sec23_BS 692-776 aa PF04815 Sec23_helical 787-890 aa
XP_057780977.1
1046 aa
N
1
523
1046
zf-Sec23_Sec24
Sec23_trunk
Sec23_BS
Sec23_helical
C
PF04810 zf-Sec23_Sec24 375-413 aa PF04811 Sec23_trunk 450-686 aa PF08033 Sec23_BS 692-776 aa PF04815 Sec23_helical 787-890 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780964.1 Pfam PF04810 zf-Sec23_Sec24 Domain 375 413 2.7e-17 63.2 Sec23/Sec24 zinc finger
XP_057780964.1 Pfam PF04811 Sec23_trunk Domain 450 686 5.8e-84 282.2 Sec23/Sec24 trunk domain
XP_057780964.1 Pfam PF08033 Sec23_BS Domain 692 776 8.6e-28 97.5 Sec23/Sec24 beta-sandwich domain
XP_057780964.1 Pfam PF04815 Sec23_helical Domain 787 890 8.2e-23 80.9 Sec23/Sec24 helical domain
XP_057780971.1 Pfam PF04810 zf-Sec23_Sec24 Domain 375 413 2.7e-17 63.2 Sec23/Sec24 zinc finger
XP_057780971.1 Pfam PF04811 Sec23_trunk Domain 450 686 5.8e-84 282.2 Sec23/Sec24 trunk domain
XP_057780971.1 Pfam PF08033 Sec23_BS Domain 692 776 8.6e-28 97.5 Sec23/Sec24 beta-sandwich domain
XP_057780971.1 Pfam PF04815 Sec23_helical Domain 787 890 8.2e-23 80.9 Sec23/Sec24 helical domain
XP_057780977.1 Pfam PF04810 zf-Sec23_Sec24 Domain 375 413 2.7e-17 63.2 Sec23/Sec24 zinc finger
XP_057780977.1 Pfam PF04811 Sec23_trunk Domain 450 686 5.8e-84 282.2 Sec23/Sec24 trunk domain
XP_057780977.1 Pfam PF08033 Sec23_BS Domain 692 776 8.6e-28 97.5 Sec23/Sec24 beta-sandwich domain
XP_057780977.1 Pfam PF04815 Sec23_helical Domain 787 890 8.2e-23 80.9 Sec23/Sec24 helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924981.1
ATAAATTTATGTTACGCCAACAAGACTCCCAGTTGAGGAACGTTAATGGAGCTCTGTTTTTTGCACACTCGTAATATTTTCAAATCACTATCTTTCTCTACTGTACTTGATTTGCATTTCGTAAAGTTAGAGAGAGGAAGTGATTGAATCTCCCCCCTCTCCCACACCGATCGCCGGTCCTTTCATTGCGTTCTCCGCCGGCGGGATCTCTGATCGGATATGCACAGATACTGATAGGTGATCAAGAACAACGGGCAGGA...
XM_057924994.1
ATAAATTTATGTTACGCCAACAAGACTCCCAGTTGAGGAACGTTAATGGAGCTCTGTTTTTTGCACACTCGTAATATTTTCAAATCACTATCTTTCTCTACTGTACTTGATTTGCATTTCGTAAAGTTAGAGAGAGGAAGTGATTGAATCTCCCCCCTCTCCCACACCGATCGCCGGTCCTTTCATTGCGTTCTCCGCCGGCGGGATCTCTGATCGGTACTGCGAAAGTGAGATCTTCATGGGCCGAATGCCGATAGATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130999451
ATGGGGATGGAAAATCCTAATCTTCCAAATCCTTCATTGAGGCCTTCTTCTGCAGCGTCGCCATTTTTATCGTCTGCTCCGGTGGTTGGATCAGAAGCATCAGTCTTTAGGCCTACACCTCAAGCTTCTTCTCAGTTCCCAACACCTCCCTTTTCCTCTGGACCTGGGGTTGGATCACAGGGTCCTACATTTAGACCTCCCCCACCAGGCAGACCCAATGAACTAGTTAGGCCTACTCCACCACCAGTTTCATCATCATA...
LOC130999451
ATGGGGATGGAAAATCCTAATCTTCCAAATCCTTCATTGAGGCCTTCTTCTGCAGCGTCGCCATTTTTATCGTCTGCTCCGGTGGTTGGATCAGAAGCATCAGTCTTTAGGCCTACACCTCAAGCTTCTTCTCAGTTCCCAACACCTCCCTTTTCCTCTGGACCTGGGGTTGGATCACAGGGTCCTACATTTAGACCTCCCCCACCAGGCAGACCCAATGAACTAGTTAGGCCTACTCCACCACCAGTTTCATCATCATA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057780964.1
MGMENPNLPNPSLRPSSAASPFLSSAPVVGSEASVFRPTPQASSQFPTPPFSSGPGVGSQGPTFRPPPPGRPNELVRPTPPPVSSSYGPPTTGFQHFQNPAMHSTGQGAPPLHTGQPVVPPGPPPTGPPAGPMTLAPVPILSQPQPPSIPMRFPDSTKTEQIHTNIPPSQPFSLSRPNVQPSSASMGPSYATGRGAFQPSFPGEANGRPNSVPQAPPMHPSSFSSQQGGYAPPAAASPFLAQQRSYGPAPSITPIGYPGA...
XP_057780971.1
MGMENPNLPNPSLRPSSAASPFLSSAPVVGSEASVFRPTPQASSQFPTPPFSSGPGVGSQGPTFRPPPPGRPNELVRPTPPPVSSSYGPPTTGFQHFQNPAMHSTGQGAPPLHTGQPVVPPGPPPTGPPAGPMTLAPVPILSQPQPPSIPMRFPDSTKTEQIHTNIPPSQPFSLSRPNVQPSSASMGPSYATGRGAFQPSFPGEANGRPNSVPQAPPMHPSSFSSQQGGYAPPAAASPFLAQQRSYGPAPSITPIGYPGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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