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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004109

染色体: Chr01 坐标: 59600984-59603871 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004109
名称SmilChr01G004109
描述transcription factor UNE12-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59600984 - 59603871 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999525
GeneID130999525
locus_tag-
NCBI NameLOC130999525
原始查询SmilChr01G004109

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor UNE12-like
产物transcription factor UNE12-like
ArabidopsisAT4G02590 (UNE12)
basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828126]
identity=68.2; qcov=1.05; evalue=3.07e-121; confidence=high
RiceOs03g0797600 (OsbHLH098)
-
identity=77.3; qcov=0.571; evalue=3.62e-86; confidence=medium
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00010 (HLH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999525

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781060.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781060.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781060.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781060.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057781060.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59601300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr1:59601306 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 81 A11,A14,A16,A23,A24,A6,A7,B100,B108,B109,B122,B123,B132,B140,B15,B16,B19,B20,B23,B25,B30,B31,B34,B35,B36,B38,B40,B42,B44,B47,B48,B50,B53,B57,B58,B59,B6,B65,B69,B72,B75,B77,B79,B81,B83,B88,B89,B91,B93,B94,C12,C16,C17,C19,C25,C35,C41,C43,C47,C49,C50,C51,C54,C56,C57,C60,C68,C70,C71,C75,C76,C77,C82,C84,C87,C9,D1,D2,D3,D6,D8
Chr1:59601308 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 82 A11,A14,A16,A23,A24,A6,A7,B100,B108,B109,B122,B123,B132,B140,B15,B16,B19,B20,B23,B25,B30,B31,B34,B35,B36,B38,B40,B42,B44,B47,B48,B50,B53,B57,B58,B59,B6,B65,B69,B72,B75,B77,B79,B81,B83,B88,B89,B91,B93,B94,C12,C16,C17,C19,C20,C25,C35,C41,C43,C47,C49,C50,C51,C54,C56,C57,C60,C68,C70,C71,C75,C76,C77,C82,C84,C87,C9,D1,D2,D3,D6,D8
Chr1:59601323 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 80 A11,A14,A23,A24,A6,B100,B108,B109,B122,B123,B132,B14,B19,B20,B23,B25,B31,B34,B35,B36,B38,B40,B42,B44,B45,B47,B48,B50,B53,B58,B59,B6,B65,B72,B75,B77,B79,B81,B88,B89,B91,B93,B94,B97,C12,C17,C19,C20,C22,C25,C29,C35,C41,C43,C45,C46,C47,C49,C50,C51,C52,C56,C57,C59,C60,C68,C70,C71,C75,C76,C77,C82,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D6,D8
Chr1:59601324 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 90 A11,A14,A16,A23,A24,A6,A7,B100,B108,B109,B122,B123,B132,B136,B14,B140,B16,B19,B20,B23,B25,B30,B31,B34,B35,B36,B38,B40,B42,B44,B45,B47,B48,B50,B53,B58,B59,B6,B65,B72,B75,B77,B79,B81,B83,B88,B89,B91,B93,B94,B97,C12,C16,C17,C19,C20,C22,C25,C29,C35,C41,C43,C45,C46,C47,C49,C50,C51,C52,C54,C56,C57,C59,C60,C68,C70,C71,C75,C76,C77,C82,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D6,D8
Chr1:59601326 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 90 A11,A14,A16,A23,A24,A6,A7,B100,B108,B109,B122,B123,B132,B136,B14,B140,B16,B19,B20,B23,B25,B30,B31,B34,B35,B36,B38,B40,B42,B44,B45,B47,B48,B50,B53,B58,B59,B6,B65,B72,B75,B77,B79,B81,B83,B88,B89,B91,B93,B94,B97,C12,C16,C17,C19,C20,C22,C25,C29,C35,C41,C43,C45,C46,C47,C49,C50,C51,C52,C54,C56,C57,C59,C60,C68,C70,C71,C75,C76,C77,C82,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D6,D8
Chr1:59601380 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 20 A7,B109,B136,B138,B26,B57,B62,B63,B80,B97,C10,C16,C20,C76,C80,C84,C86,C87,D11,D3
Chr1:59601439 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 131 A11,A14,A16,A2,A21,A24,A6,A7,A8,A9,B100,B103,B109,B113,B115,B12,B120,B121,B122,B123,B129,B130,B131,B132,B136,B137,B138,B140,B15,B17,B21,B25,B26,B27,B28,B31,B32,B35,B36,B38,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B49,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B62,B63,B65,B69,B72,B73,B75,B77,B79,B80,B81,B83,B84,B86,B9,B91,B93,B95,B96,B97,B98,C10,C12,C16,C17,C20,C23,C27,C29,C3,C31,C32,C37,C39,C40,C41,C44,C45,C46,C49,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C66,C67,C68,C70,C72,C73,C76,C77,C78,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D11,D2,D3,D4,D8,D9
Chr1:59601450 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 133 A11,A14,A16,A2,A21,A24,A6,A7,A8,A9,B100,B103,B108,B109,B113,B115,B12,B120,B121,B122,B123,B129,B130,B131,B132,B136,B137,B138,B140,B15,B17,B21,B25,B26,B27,B28,B31,B32,B35,B36,B38,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B49,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B62,B63,B65,B69,B72,B73,B75,B76,B77,B79,B80,B81,B83,B84,B86,B9,B91,B93,B95,B96,B97,B98,C10,C12,C16,C17,C20,C23,C27,C29,C3,C31,C32,C37,C39,C40,C41,C44,C45,C46,C49,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C66,C67,C68,C70,C72,C73,C76,C77,C78,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D11,D2,D3,D4,D8,D9
Chr1:59601472 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 121 A1,A11,A16,A2,A24,A6,A7,A8,A9,B100,B103,B108,B109,B113,B115,B12,B120,B121,B122,B123,B129,B130,B131,B132,B136,B137,B138,B15,B17,B21,B25,B26,B27,B28,B31,B32,B35,B36,B38,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B49,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B62,B63,B65,B69,B72,B73,B75,B76,B77,B79,B80,B81,B83,B84,B9,B93,B96,B97,C10,C16,C17,C20,C23,C27,C29,C3,C31,C32,C37,C39,C40,C41,C44,C45,C46,C49,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C66,C67,C68,C70,C72,C76,C78,C80,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D11,D2,D4,D8,D9
Chr1:59601482 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 111 A1,A11,A14,A16,A2,A24,A6,A7,A8,A9,B100,B103,B108,B109,B113,B115,B12,B120,B121,B123,B129,B130,B131,B136,B137,B15,B17,B21,B25,B26,B27,B31,B32,B36,B38,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B49,B52,B53,B54,B56,B58,B62,B63,B65,B69,B72,B73,B75,B76,B77,B79,B80,B81,B83,B84,B9,B93,B96,B97,C10,C16,C17,C20,C23,C27,C29,C3,C31,C32,C37,C39,C40,C41,C44,C46,C49,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C66,C67,C68,C70,C72,C76,C78,C80,C82,C84,C85,C86,C9,D2,D4,D9
Chr1:59601551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781060.1
301 aa
N
1
150
301
HLH
C
PF00010 HLH 150-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781060.1 Pfam PF00010 HLH Domain 150 195 4e-08 33.7 Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925077.1
ACCAGTTTGAGAAGTGGAAGCCTTTTTAAGGTAGAAGAACAAAGATGAAAGAACCCCCGCTTTTACCACTGCTCTTCTCTCTCTCTCTACATACTAAAGAAACATAACTGCTCTCTCTCACACACACACGCTCATACTGTCATACACATATACATACAATTCGCACATAGAGAGGGAGAGCCAGCAGAAGTGCTGCCGTCAATTGTGAATTCAGTAACTTCAACCTGAAATCTGTCATGTCGAACAATCCAGGCGAAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999525
ATGTCGAACAATCCAGGCGAAGCCCCCTCCGACGATTTCCTCGAGCAGATTTTAGGGTATCAGAACTACGCCGCCGGAGCCGACTCTACTTTGGTCGGAAACGAAGGTCCGTCGCCTGCGATGTTGCTGCAGCTCGGCTCGGGCGACGGCTCGGCTCATCTAGGTGGAGTCGGCGGCATGGGAATCGGAATAGGCGGCGGTTACGGCGTCGGAGGTGGCGGCGGCGGGTTTCCGCTGGGACTGAGCTTGGAGCAGGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781060.1
MSNNPGEAPSDDFLEQILGYQNYAAGADSTLVGNEGPSPAMLLQLGSGDGSAHLGGVGGMGIGIGGGYGVGGGGGGFPLGLSLEQGKGGYNDASGSGKRFHRDDFVDSRGAAMKGGFHGQPMMNTVQAAPHPPGIRPRVRARRGQATDPHSIAERLRRERIAERIRALQDLVPSVNKTDRAAMLDEIVDYVKFLRLQVKVLSMSRLGGAGAVAPLVTDIPISSVEEECSDGGRAQPAWDKWSNDGTERQVAKLMEENVGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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