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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004112

染色体: Chr01 坐标: 59633189-59635958 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004112
名称SmilChr01G004112
描述magnesium transporter MRS2-I-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59633189 - 59635958 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999556
GeneID130999556
locus_tag-
NCBI NameLOC130999556
原始查询SmilChr01G004112

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述magnesium transporter MRS2-I-like
产物magnesium transporter MRS2-I-like
ArabidopsisAT5G09690 (MGT7)
magnesium transporter 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830828]
identity=60.4; qcov=1.02; evalue=2.89e-153; confidence=high
RiceOs06g0650800 (OsMGT)
-
identity=48; qcov=1.04; evalue=1.73e-108; confidence=high
GOGO:0015095 (magnesium ion transmembrane transporter activity); GO:0015693 (magnesium ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01544 (CorA); PF22099 (MRS2-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999556

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781103.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781103.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781103.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781103.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781103.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59633550 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B48,C26
Chr1:59633550 GCC G 2bp_deletion CDS_variant 2 B48,C26
Chr1:59633565 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B48,C26
Chr1:59633565 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B48,C26
Chr1:59633567 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B48,C26
Chr1:59633567 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 2 B48,C26
Chr1:59633573 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B48,C26
Chr1:59633573 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B48,C26
Chr1:59633575 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 5 B35,B48,B91,C26,C37
Chr1:59633575 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 5 B35,B48,B91,C26,C37
Chr1:59633584 ATT * 2bp_deletion CDS_variant 2 B35,B91
Chr1:59633618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B59,C15,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781103.1
380 aa
N
1
190
380
MRS2-like
MRS2-like
CorA
C
PF22099 MRS2-like 39-227 aa PF22099 MRS2-like 258-307 aa PF01544 CorA 259-368 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781103.1 Pfam PF22099 MRS2-like Family 39 227 1.1e-36 127.0 Magnesium transporter MRS2-like
XP_057781103.1 Pfam PF22099 MRS2-like Family 258 307 1.1e-36 127.0 Magnesium transporter MRS2-like
XP_057781103.1 Pfam PF01544 CorA Family 259 368 7.3e-10 39.3 CorA-like Mg2+ transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925120.1
AAAAGGAAAAGTTGCAGTAAAGGGTAAAATGACATTAAGATGTAGTATATCGGATAAAGAAACCAACAAAAACTATTATGATTATGATTATGATTATGATTATCAAGAGACGTAATACTAAATCCTAAGCAAGAAGCAACTGCAAAGATGAGTAGACAACCATGAAGCATGCACACTGTAGCAAACGAGATAGTAAAATCGATGGCCCCTCCACTCTCACACAACTAATCCACCCAAAAAAATATCAAGATTTGATTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999556
ATGGAGCAGAGTGATGAATTGGGTGCAGCGATTGAGATGTCGTTCAAGAAGAAAGCTGCGGTTTCGAGGAATTGGATGCTGGTGGACTGCTGCGGCGAGGGGATGATTGTGGATTGGGATAAGTTTGATATCATGAGACGGCTGCCCATTAATGGCAGAGACCTTAGGATTCTTGATCCTCTGCTCTCTTACCCTTCTGCAATTCTAGTCAGAGAAAGAGCCATTGTCCTCAATTTGGAGCATATCAAGGCGATTATAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781103.1
MEQSDELGAAIEMSFKKKAAVSRNWMLVDCCGEGMIVDWDKFDIMRRLPINGRDLRILDPLLSYPSAILVRERAIVLNLEHIKAIITTDEVLLRDPLDDNVAPIVEELQRRLPLGSGRGEGEEEELLEARSSEVTDFPFEFRALEVALEGVCSSLDAQTRELEISAYPALDELTAKTNSTNLDRVRKMKSSMTRLTSRVQKVRDELEQLLDDDDDMADLYLSRKMAMSASVSTDSLKTESRFSTSRTSGSKGSAATTTQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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