当前解析结果
SmilChr01G004124| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004124 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004124 |
| 描述 | F-box/kelch-repeat protein OR23 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 59735616 - 59737504 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999649 |
|---|---|
| GeneID | 130999649 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999649 |
| 原始查询 | SmilChr01G004124 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | F-box/kelch-repeat protein OR23 |
| 产物 | F-box/kelch-repeat protein OR23 |
| Arabidopsis | AT4G03030 (AT4G03030)Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828110] identity=61.3; qcov=1.02; evalue=1.08e-171; confidence=high |
| Rice | Os02g0316200 (OsFbox084)- identity=45.4; qcov=0.998; evalue=7.98e-106; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00646 (F-box); PF01344 (Kelch_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999649 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057781229.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057781229.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057781229.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781229.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781229.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:59736199 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr1:59736384 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr1:59736393 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B131 |
Chr1:59736594 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr1:59736759 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,B72 |
Chr1:59736828 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr1:59737105 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781229.1PF00646
F-box 18-56 aa
PF01344
Kelch_1 113-160 aa
PF01344
Kelch_1 175-213 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781229.1 |
Pfam | PF00646 |
F-box | Domain | 18 | 56 | 2.8e-08 | 34.1 | F-box domain |
XP_057781229.1 |
Pfam | PF01344 |
Kelch_1 | Repeat | 113 | 160 | 2e-15 | 56.6 | Kelch motif |
XP_057781229.1 |
Pfam | PF01344 |
Kelch_1 | Repeat | 175 | 213 | 2e-15 | 56.6 | Kelch motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。