Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004136`

染色体: Chr01 坐标: 59875231-59876284 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004136`
名称	SmilChr01G004136
描述	uncharacterized SmilChr01G004136
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	59875231 - 59876284 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999737`
GeneID	`130999737`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999737`
原始查询	`SmilChr01G004136`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pollen Ole e I family allergen protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816573]; symbol=AT2G20515; hit=AT2G20515; species=arabidopsis; confidence=high
产物	pollen Ole e I family allergen protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816573]; symbol=AT2G20515; hit=AT2G20515; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G20515` (AT2G20515) pollen Ole e I family allergen protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816573] identity=54.1; qcov=0.961; evalue=7.44e-51; confidence=high
Rice	`Os04g0517000` - identity=56.2; qcov=0.796; evalue=1.89e-46; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF27764 (PDF1_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057781342.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781342.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781342.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781342.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781342.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:59875717`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr1:59875745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,C47,D11
`Chr1:59875758`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,C47
`Chr1:59875952`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C23
`Chr1:59876043`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781342.1

152 aa

152

PDF1_C

PF27764 PDF1_C 44-148 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781342.1`	Pfam	`PF27764`	PDF1_C	Domain	44	148	9.8e-19	68.7	Protodermal factor 1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925359.1
AGATGGGTTCACATGGAAGCGAGATTCAAATCGTAAAAGCTGAAAATAGTGTTGAAAATACAATAAACAAAACAGTGGTCACGCCTCACGAGGAAGAAGCAGACACACACACACACTGCTCTTTGTCTCTCTCTCTACTTCTCCTCTGCTACACATACCCTTTCCTCTATCTATTTCCAATTTTCCATAACATGAAAAATCTAGAGTAGCAATGCCAATATCCATGGAAAATCCAATCCTTCTTCTCACATCCATCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999737
ATGCCAATATCCATGGAAAATCCAATCCTTCTTCTCACATCCATCATTTTCCTGGCCGCTTCATCAATGGCGGCGGCCCACCAGCCCATGCCCGGATTCCTCTACACAAGATCCAGAGGAACATGCACTCCTCAGTATTGGAGCAGCAGGAGCGAGTCGTGGCCGAAGATGGTTCCCCACAGATCCACGGTGTCCAACGCTTTCGGGTCGCGGGCCTTCGAGCGCTTCCGGCCCGAACTCACGCTTCTGGAGGCGGCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781342.1
MPISMENPILLLTSIIFLAASSMAAAHQPMPGFLYTRSRGTCTPQYWSSRSESWPKMVPHRSTVSNAFGSRAFERFRPELTLLEAAARNDDGGDVFASLLKESTAALINSYARKGYPYAAWEVKTLLIQALVSHAAAAAQAHTFLQANLNCA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器