Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004147`

染色体: Chr01 坐标: 59990548-59993731 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004147`
名称	SmilChr01G004147
描述	protein CUP-SHAPED COTYLEDON 3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	59990548 - 59993731 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999832`
GeneID	`130999832`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999832`
原始查询	`SmilChr01G004147`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CUP-SHAPED COTYLEDON 3-like
产物	protein CUP-SHAPED COTYLEDON 3-like
Arabidopsis	`AT4G28530` (NAC074) NAC domain containing protein 74 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828971] identity=72.9; qcov=0.63; evalue=7.07e-91; confidence=high
Rice	`Os04g0515900` (ONAC008) - identity=54.9; qcov=0.94; evalue=1.34e-95; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02365 (NAM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999832

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781491.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781491.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781491.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781491.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057781491.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:59990953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr1:59990982`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr1:59991177`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr1:59991941`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr1:59991998`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B55,C51,C67,D7
`Chr1:59992020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr1:59992086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C26,D3
`Chr1:59993380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C26,D3
`Chr1:59993385`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	101	A14,A16,A21,A23,A24,A4,A5,A6,B103,B105,B106,B114,B118,B12,B120,B121,B128,B129,B133,B136,B137,B138,B139,B140,B16,B21,B22,B24,B26,B27,B3,B30,B32,B34,B36,B40,B44,B5,B52,B53,B56,B58,B59,B60,B61,B62,B67,B71,B72,B74,B75,B78,B79,B80,B81,B87,B94,B95,B97,B98,B99,C1,C11,C13,C14,C15,C20,C21,C22,C24,C25,C29,C30,C34,C35,C38,C39,C45,C48,C50,C51,C59,C62,C64,C66,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C80,C81,C82,C83,C87,C9,D10,D11,D3,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781491.1

281 aa

140

281

NAM

PF02365 NAM 11-137 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781491.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	11	137	3.2e-45	154.3	No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925508.1
TACTGTAACGCTATAACTAACTTAAACAAGCATCAACACCTACAATGATTCAAAATTATTACAAACTTATCCTAGGTTTAATTTGTCATTCATCAAATATACACATATATATACATACATACATAAACTCAACTCATGACTTTGCCAACCCCCTTGTCTCCACCGCTCTAGAAACACGAAAAAAGCTAGCTAGATCAAGCCTTTTCCCATAAAAACCTACTTTTTTCTTGACAAAGAATCAACCCTTTTGTATTCAGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999832
ATGGGTCTGAGAGACATCGGTCACTCATTGCCACCAGGATTTAGGTTTTATCCGAGTGATGAAGAGCTGGTTTGCCATTATCTTCGAAAAAAGATTGCAAATGAAGAACTTCTTCGAGGCACTTTAGTCGAAATCGATCTCCATACTTGTGAGCCATGGCAGCTCCCTGATATGGCGAAGCTGAACTCAAAGGAGTGGTACTTCTTTAGCTTCCGTGATCGAAAATATGCAACCGGTTACCGGACCAACCGGGCCACCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781491.1
MGLRDIGHSLPPGFRFYPSDEELVCHYLRKKIANEELLRGTLVEIDLHTCEPWQLPDMAKLNSKEWYFFSFRDRKYATGYRTNRATISGYWKATGKDRVVLDPMSRAVVGMRKTLVFYKNRAPNGIKTGWIMHEFRLENPHMPPKEDWVLCRVFYKSRGESSNPQNLYDHHSTSPNLGTSPTSEHALLNVDHQNMITSFYQGQNPNPNPSTSLGLSPVHSGYLHIYPEERESGPSTSDHNHRSKCEDDYGFLFDMSIDYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器