Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004154`

染色体: Chr01 坐标: 60059485-60062271 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004154`
名称	SmilChr01G004154
描述	CRIB domain-containing protein RIC7-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60059485 - 60062271 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999913`
GeneID	`130999913`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999913`
原始查询	`SmilChr01G004154`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CRIB domain-containing protein RIC7-like
产物	CRIB domain-containing protein RIC7-like
Arabidopsis	`AT4G28556` (RIC7) PAK-box/P21-Rho-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770548] identity=44.6; qcov=0.714; evalue=6.27e-26; confidence=medium
Rice	`Os07g0446000` (P0030H06.108) - identity=49; qcov=0.436; evalue=7.59e-20; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00786 (PBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057781596.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057781596.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057781596.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057781596.1`
5	Focal adhesion	Focal adhesion	0.20000	`XP_057781596.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60061929`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B78,B79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781596.1

220 aa

110

220

PBD

PF00786 PBD 30-61 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781596.1`	Pfam	`PF00786`	PBD	Domain	30	61	1.6e-05	25.8	P21-Rho-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925613.1
CATTCCATCCTTAAAACTCAAATATTTCCTTGTAAATTCTTGAATCATTGCTCTCCGATCATAACATGAAAAAAAGGCCCAGAAGATAAAGCTATTTCGTTGGTTTTTATTGAGACTTGTCAAGAATTTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATGGCCGGAGAAATAAATTCTAGAACGGCAGCTTGACTTGTTGTTATTGAAAAAAATAAATATTGATTTTAATATCAAAAGCATCTGGTGATTCTGCATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999913
ATGTCGACAAAGATGAAGGGCCTTTTTAAAGGCCTTAGATACATCTCTCAAATATTTGATGAAGAGCAGCAGAAGGAACAAGACATACAGATTGGGCTTCCCACAGATGTAAAGCATGTTGCTCATATAGGGTGGGATGGACCAGCTTCAGCTAATTCTGGTGATTCACCAAGCTGGATGAAAGACATGGGGCCATCAACACCAGGAATTGCAGCGCCTTTTGATTCCAAACCCGGTAAAGACAATTCTGATGTCAAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781596.1
MSTKMKGLFKGLRYISQIFDEEQQKEQDIQIGLPTDVKHVAHIGWDGPASANSGDSPSWMKDMGPSTPGIAAPFDSKPGKDNSDVKWVSEDSKRAQKTKKSQEKEQHGEGTKPSRRRSTDNNPLDTEKPSRRQSSAGDASAKPRQPRRTHPKDSSDAKPQDPDAPKKTRRKKSEANDQAGSRRSKNRSAAANGVDAPADPASDATQKQLSEDDEERESRE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器