Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004157`

染色体: Chr01 坐标: 60073762-60076300 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004157`
名称	SmilChr01G004157
描述	rho GDP-dissociation inhibitor 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60073762 - 60076300 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999963`
GeneID	`130999963`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999963`
原始查询	`SmilChr01G004157`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rho GDP-dissociation inhibitor 1-like
产物	rho GDP-dissociation inhibitor 1-like
Arabidopsis	`AT3G07880` (SCN1) Immunoglobulin E-set superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819979] identity=49; qcov=0.877; evalue=1.97e-57; confidence=high
Rice	`Os06g0318300` (P0468A12.27-2) - identity=55.2; qcov=0.785; evalue=1.01e-63; confidence=high
GO	GO:0005094 (Rho GDP-dissociation inhibitor activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0007266 (Rho protein signal transduction); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF02115 (Rho_GDI)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999963

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057781662.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057781662.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781662.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781662.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781662.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60073893`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B70,B84,C41,C52
`Chr1:60075804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B7
`Chr1:60075810`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:60075820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr1:60075828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,B27,C16,C47
`Chr1:60076075`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781662.1

219 aa

110

219

Rho_GDI

PF02115 Rho_GDI 31-217 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781662.1`	Pfam	`PF02115`	Rho_GDI	Domain	31	217	4.8e-65	219.5	RHO protein GDP dissociation inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925679.1
ATGGAGCGTGAGAAGATAGAAGTGGCAGGGTCATCTAAACAGGAGCTGGAGATGAAGGGAGAAGAGAGGGTTTTTGATGAAGAAGACGATGATGATGATCATCAAGAAAGCAAAGAGGTTTTTGGAAATTTCGTTCCTGGCCCTCTTCTTCCTCTCAAAGTGCAGATTGAGAAAGACAAGGAAGATGAGAGTTTAAGAAGGTGGAAAGAGAAGCTGCTTGGTGGCCTTGATAGTGATCTAAATGGGAATGTGGAGCCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999963
ATGGAGCGTGAGAAGATAGAAGTGGCAGGGTCATCTAAACAGGAGCTGGAGATGAAGGGAGAAGAGAGGGTTTTTGATGAAGAAGACGATGATGATGATCATCAAGAAAGCAAAGAGGTTTTTGGAAATTTCGTTCCTGGCCCTCTTCTTCCTCTCAAAGTGCAGATTGAGAAAGACAAGGAAGATGAGAGTTTAAGAAGGTGGAAAGAGAAGCTGCTTGGTGGCCTTGATAGTGATCTAAATGGGAATGTGGAGCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781662.1
MEREKIEVAGSSKQELEMKGEERVFDEEDDDDDHQESKEVFGNFVPGPLLPLKVQIEKDKEDESLRRWKEKLLGGLDSDLNGNVEPEVKFHSIGIISSDFGEISTPFPICEEQSKQIHFTLHEGSEYQLKLTFSVLHNIVSGLAYTNSVWKGGIQVDQSRGMLGTFAPQKAPYVHTLEEETTPSGVLARGVYAAKLKFEDDDKRRHVELNYSFEIQRRH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器