Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004169`

染色体: Chr01 坐标: 60184791-60188102 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004169`
名称	SmilChr01G004169
描述	probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60184791 - 60188102 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000113`
GeneID	`131000113`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000113`
原始查询	`SmilChr01G004169`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR2
产物	probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR2
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000113

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781867.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057781867.1`
3	Nuclear body	核内小体	0.40000	`XP_057781867.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781867.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781867.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60185123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B118,B6,B65,C42,C87
`Chr1:60185127`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,C5
`Chr1:60185267`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B122,B7,C5
`Chr1:60185267`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B122,B7,C5
`Chr1:60185315`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B106,B109,B15,B26,B9,C6,C77,C79
`Chr1:60185362`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B68
`Chr1:60185506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B126,B46,B63,C43
`Chr1:60185528`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr1:60185536`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A3,A4,A7,B103,B119,B47,B66,B99,C31,C65,C86,D10
`Chr1:60185541`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	A7,B106,B109,B15,B26,B9,C6,C77,C79
`Chr1:60185575`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B57,C41
`Chr1:60186190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925884.1
AAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGGTGAAAGAACAACTACCAATTAGAGAGACGAATATTGACTATTTTCCCTTTTTATTACTGTATCACTTTCCATCTTTTCCCTCTCAAACTCACACTCAACAGTCATGGCAGCTGTTTCTAAATTCTAAGTGACAGTGAGAAGAATTTTCCCCCTTTACGATTCTTTAATTTAAGTTGTAAAGAATTTCTCTTGCATATGGTGTGCACATTTGAAATTTTGTGGCCGTACA...

XM_057925890.1
AAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGGTGAAAGAACAACTACCAATTAGAGAGACGAATATTGACTATTTTCCCTTTTTATTACTGTATCACTTTCCATCTTTTCCCTCTCAAACTCACACTCAACAGTCATGGCAGCTGTTTCTAAATTCTAAGTGACAGTGAGAAGAATTTTCCCCCTTTACGATTCTTTAATTTAAGTTGTAAAGAATTTCTCTTGCATATGGTGTGCACATTTGAAATTTTGTGGCCGTACAGTTCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131000113
ATGCCCCTGGTCATCCGTAAAGATGAACCAACTGAACTACCTAATTCATGTCCCTCAGAGGTAAATGCATCTCAAGGCTTGGTGGCATCACCTCAGCCCAGTGCTGAAAACGAAAGCACTGATCCTCAGTTACTTAGTAAGATAAAAAGAAAGCAACCTATTTTTCCTGAATCCTTGGTTGCCCGCGAGGTATGTGACCCCTGGCAGCCTAATAGCGTCACAAGTCCTTCTCATGCTGCGAAGCTCAGAGACAGAGGAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057781867.1
MPLVIRKDEPTELPNSCPSEVNASQGLVASPQPSAENESTDPQLLSKIKRKQPIFPESLVAREVCDPWQPNSVTSPSHAAKLRDRGNQLLCPQTSTGEKSSLPHSSPQATCNKQWKIVRGSVPVPKQKRVSNFPLIIPKEGPVTDDMPQSVLPIAVIDPEPSIKGGASDQNGTSELSYLEPSDLPSLSENEINEGTDIPHEARTNGELKLVSSQFASNLEIASSPLGEVKISLSCNLAHVRPDCHIMPSLETVLQLVEDK...

XP_057781873.1
MPLVIRKDEPTELPNSCPSEVNASQGLVASPQPSAENESTDPQLLSKIKRKQPIFPESLVAREVCDPWQPNSVTSPSHAAKLRDRGNQLLCPQTSTGEKSSLPHSSPQATCNKQWKIVRGSVPVPKQKRVSNFPLIIPKEGPVTDDMPQSVLPIAVIDPDDRGAGEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器